Фон Браун принес в зародившуюся ракетную программу свою солидную подготовку: в возрасте 23 лет он получил звание доктора философии в области физики в Берлинском университете Фридриха Вильгельма. Основной темой его диссертации была теория жидкостных ракетных двигателей. Формально являясь физиком-теоретиком, фон Браун обладал склонностью к проектированию, редким сочетанием качеств, которое позволило ему взять на себя роль руководителя. У него было замечательное чувство времени, позволявшее, в конечном счете, обо всем договориться с нацистским режимом, но также понимать, когда надо действовать решительно, чтобы защитить себя и своих помощников в момент наибольшей опасности. Ни один человек в германских кругах, занимавшихся ракетостроением, будь он гражданский или военный, не занимал более высокого и влиятельного поста, чем фон Браун.
Сотрудничество фон Брауна с германскими военными (а позднее и его участие в военных действиях нацистской Германии) неизбежно вызывало вопросы о мотивах его поступков. Вопрос, симпатизировал ли он нацизму, порождал массу споров. Действительно, в 1937 году он вступил в нацистскую партию, а три года спустя — в организацию СС Генриха Гиммлера, в ее «элитные подразделения». Защитники фон Брауна утверждали, что членство в обеих этих организациях являлось формальным, и его вступление в них следует рассматривать как ловкий шаг ради поддержания исследований в ракетостроении. Согласно этой интерпретации, формальные связи с нацистским режимом не отражали ни личной идеологии, ни, что важно, какой-либо искренней симпатии к политическим целям Гитлера. В узких кругах фон Браун фактически выражал свое презрение к нацистскому режиму. В 1944 году он был арестован СС и временно заключен в тюрьму по подозрению в том, что не полностью отдавал себя работе на нужды фронта; в послевоенные годы этот инцидент добавил убедительности доводам, что фон Браун был не в ладах с руководством нацистского режима.
Однако обвинение в соучастии или пассивном принятии нацистского режима будет сопровождать всю долгую карьеру фон Брауна. В особенности практика военного применения оружия нацистской Германией для уничтожения людей (геноцида) противоречивым образом пересекалась с работой фон Брауна. Для производства ракет ФАУ-2 использовался труд заключенных, которые работали в ужасающих условиях лагеря Дора, где погибло от непосильного труда, голода и болезней более 30 000 человек. И генерал Дорнбергер, и фон Браун, имея столь высокие военные звания, знали о применении труда заключенных, при том, что сами они не были прямыми участниками действий администрации лагерей. Фон Браун и другие в разной мере и в самой малой степени были виновны в соучастии. Они открыто не оспаривали привлечение к работам заключенных, зная, насколько важной для Германии была ракетная программа, и лагерь Дора является несмываемым черным пятном в биографии фон Брауна.