С приближением февраля фон Браун возглавил организацию этого необычного исхода из Пеенемюнде. Первоначально необходимо было добраться до области Нордхаузен в горах Гарц в Тюрингии, неподалеку от подземного завода Миттельверк, где производились ФАУ-2. Из этой центральной области Германии надо было продвинуться еще на 540 км к югу, в Баварию. Являясь майором СС, фон Браун обладал исключительными связями в самых влиятельных политических и военных кругах Германии. Однако и это никак не гарантировало личной безопасности. В СС могли решить уничтожить технический персонал, чтобы перекрыть доступ союзникам к самому поразительному секретному оружию нацистского режима. Или использовать самого фон Брауна и его персонал как заложников в торге с союзниками. Генерал СС Ганс Каммлер, ярый и безжалостный нацистский служака, играл в Пеенемюнде в последние месяцы войны все более могущественную роль. Его неуправляемые действия представляли угрозу для беглецов. Однако Каммлер не препятствовал фон Брауну и не угрожал беглецам; он исчез при загадочных обстоятельствах в кульминационные дни войны. Ну а для фон Брауна отчаянный план продвижения в Баварию стоил того, чтобы рисковать. Группу и все ракетное наследие было необходимо перебросить в местность, недоступную для наступающих советских войск.
17 февраля, после коротких отчаянных приготовлений, беглецы из Пеенемюнде отправились в Блейхроде, город близ Нордхаузена, где они сделали свою первую остановку на пути в южном направлении. Их конечной целью был Обераммергау, расположенный в Баварии. В распоряжении группы были поезда, грузовики и баржа, ее использовали для транспортировки отобранного оборудования и документов. Всего в этом переезде участвовали 525 человек — технический персонал вместе с семьями. Когда они отправились в путь, уже был слышен грохот русской артиллерии. Покидая Пеенемюнде, беженцы постарались с помощью динамита уничтожить как можно больше ракетных установок. Эти отчаянные усилия не позволить русским получить важное техническое оборудование увенчались только частичным успехом. Как только Пеенемюнде был захвачен советскими войсками, небольшое количество брошенного уцелевшего оборудования было отправлено в Советский Союз.
Чтобы облегчить свое движение на юг, фон Браун предусмотрительно подделал документы и тем самым обеспечил себе безопасность, проходя через колонны беженцев и многочисленные контрольно-пропускные пункты, установленные повсюду для отлавливания дезертиров. Несмотря на тревожные моменты, они успешно добрались до Тюрингии. Однако по дороге произошел один почти трагический инцидент: фон Браун сильно пострадал в автомобильной аварии.