Так начался новый период подвижнической жизни Матроны – она стала бездомной странницей. С жильем в Москве было очень трудно, выбирать не приходилось, поэтому иногда Матрона и сопровождавшие ее женщины останавливались на ночлег, а то и на несколько дней у людей, которые не скрывали своего враждебного к ней отношения.
Зинаида Владимировна Жданова впоследствии рассказывала, какие лишения приходилось претерпевать блаженной: «Я приехала в Сокольники, где матушка часто жила в маленьком фанерном домике, отданном ей на время. Была глубокая осень. Я вошла в домик, а в домике – густой, сырой и промозглый пар, топится железная печка-буржуйка. Я подошла к матушке, а она лежит на кровати лицом к стене, повернуться ко мне не может, волосы примерзли к стене, еле отодрали. Я в ужасе сказала: "Матушка, да как же это? Ведь вы же знаете, что мы живем вдвоем с мамой, брат на фронте, отец в тюрьме и что с ним – неизвестно, а у нас – две комнаты в теплом доме, 48 квадратных метров, отдельный вход; почему же вы не попросились к нам?". Матушка тяжело вздохнула и сказала: "Бог не велел, чтобы вы потом не пожалели"».
До войны Матрона жила на Ульяновской улице, в доме священника Василия, мужа ее послушницы Пелагеи, пока его не посадили, а также на Пятницкой улице, в летней фанерной постройке в Сокольниках, в подвале у племянницы в Вишняковском переулке, у Никитских ворот, в Петровско-Разумовском, гостила у племянника в Сергиевом Посаде (Загорске), в Царицыно. Дольше всего, с 1942 по 1949 год, она прожила на Арбате, в Староконюшенном переулке, в старинном деревянном особняке, где 48-метровую комнату занимала односельчанка Матроны Е. М. Жданова с дочерью Зинаидой. Три угла в этой комнате были полностью уставлены иконами. Перед иконами горели старинные лампады, окна украшали тяжелые дорогие занавески. До революции владельцем дома являлся муж Е. М. Ждановой, который происходил из богатой и знатной семьи.
Времена были тяжелые, и люди, приютившие Матрону, боялись ее прописывать. Вот почему многие места своего временного проживания Матроне приходилось спешно покидать, духом предугадывая готовящиеся неприятности – приход милиции. Тем самым она спасала от репрессий не только себя, но и добросердечных хозяев, дававших ей приют.
Несколько раз Матрону хотели арестовать, но всякий раз ей удавалось избегать заключения. Однако многие из ее близких были арестованы, отправлены в тюрьму или сосланы. Так, Зинаиду Владимировну Жданову осудили как участницу церковно-монархической группы.
Ксения Ивановна Сифарова рассказывала о таком случае. Племянник Матроны Иван жил в Загорске. Однажды он почувствовал, что Матрона мысленно призывает его к себе. Тогда Иван пошел к своему начальнику и сказал ему: «Хочу у вас отпроситься, прямо не могу, надо мне к моей тете ехать». Начальник дал Ивану отпуск, и тот отправился к Матроне, не зная, в чем дело. По приезду Матрона ему говорит: «Давай, давай, перевези меня скорей в Загорск, к теще своей». Только они уехали, как пришла милиция. Много раз так случалось: только хотят ее арестовать, а она накануне уезжает.