Научная новизна исследования заключается в том, что в ней впервые в отечественной историографии на основе широкой источниковой базы комплексно исследована деятельность органов государственной безопасности СССР на оккупированной советской территории в 1941—1944 гг.
В исследовании помимо участия чекистских органов в подготовке и самой войне впервые проведен анализ многогранной работы органов госбезопасности по организации партизанского движения, а также основным направлениям их деятельности в тылу гитлеровских войск.
Автор доказывает, что партизанское движение в годы Великой Отечественной войны развивалось не стихийно, а исходя из последовательных действий, которые нашли отражение в нормативных и иных документах по развертыванию боевых действий на оккупированной территории.
В исследовании отмечается, что органы госбезопасности к началу войны оказались наиболее подготовленными для работы за линией фронта и явились главным инструментом государственного и партийного руководства по организации партизанского движения, а также по проведению специальных операций во вражеском тылу.
На большом фактическом материале, основу которого составили ранее не публиковавшиеся документы, в работе впервые подробно проанализирован такой феномен, как контрразведывательная работа в тылу противника; выявлены негативные явления, имевшиеся в некоторых партизанских отрядах, объективно освещена роль чекистов в их устранении; раскрыты агентурные и иные подрывные методы гитлеровских спецслужб, направленные против советских партизан и подпольщиков.
Хронологические рамки исследования охватывают период Великой Отечественной войны с 1941 по 1944 г., т. е. период оккупации части советской территории немецко-фашистскими войсками. Вместе с тем для полного раскрытия темы автор счел нужным обратиться к более раннему периоду, а именно к началу 1930-х – 1941 гг., чтобы показать проводившуюся в СССР подготовку к партизанской борьбе по линии органов госбезопасности и разведуправления Генштаба Красной Армии с учетом возможного нападения потенциального противника.
При определении географических рамок исследования автором учитывалось несколько обстоятельств. Во-первых, необходимость рассмотрения всей оккупированной советской территории. Во-вторых, длительность оккупации и степень интенсивности сопротивления захватчикам, а также активность чекистских органов. В-третьих, фактор доступа к архивным документам и материалам, научным публикациям и мемуарной литературе по теме исследования. В соответствии с этим в исследовании в большей мере рассмотрена деятельность чекистских органов в Белоруссии, на Украине, в западных и северо-западных областях Российской Федерации.