Оперативным обслуживанием были охвачены все стратегические объекты и военная промышленность, выделены главные линии оперативно-разыскной работы, в том числе и за рубежом. Спецслужбы неоднократно информировали руководство страны о внешних угрозах, успешно пресекали все попытки активного шпионажа главного противника на территории страны.
18 декабря 1940 г. А. Гитлер утвердил окончательный вариант плана «Барбаросса», и Германия начала непосредственную подготовку к нападению на СССР. Тщательно спланированные дезинформационные мероприятия, имитировавшие подготовку германских войск к вторжению на Британские острова, порождали у И.В. Сталина недоверие к информации советской разведки и контрразведки о действительных планах Гитлера, а также к предупреждениям западных спецслужб, поступавшим по неофициальным каналам политическому руководству СССР.
Недоверчивое, а порой и резко отрицательное отношение И. В. Сталина к такой разведывательной информации оказывало негативное влияние на советских высших политических и военных руководителей. Многие из них подлаживались под настроение И.В. Сталина и, выполняя его установку не давать Германии поводов для военных акций на границе, не принимали необходимых мер для повышения боеготовности войск, запаздывали с принятием крайне важных решений, диктуемых обстановкой.
Высшее политическое руководство страны и лично И.В. Сталин знали о неготовности СССР к войне. Опыт военного конфликта с Финляндией (ноябрь 1939 г. – март 1940 г.) убедительно показал несоответствие уровня боевой подготовки войск условиям ведения современной войны, так как даже численно превосходящие противника силы Красной Армии в течение нескольких месяцев не могли преодолеть оборону финской армии.
Советская разведка, несмотря на потери, вызванные репрессиями, вела целенаправленную работу по добыванию информации о приготовлениях Германии к войне против СССР, постоянно наращивая после августа 1939 г. разведывательные усилия и приобретая новые агентурные позиции.
Ценная информация добывалась радиоконтрразведывательной и дешифровальной службами органов государственной безопасности. Перехватывалась и расшифровывалась дипломатическая переписка диппредставительств Японии, Турции и некоторых других государств, содержавшая сведения о подготовке агрессии против СССР.
Своевременные предупреждения внешней разведки, подкреплявшиеся сообщениями контрразведки и пограничных войск, не привлекали должного внимания. Сказывалась специфика тоталитарной системы. Правом окончательной оценки информации и принятия по ней решения обладал только один человек – И.В. Сталин, мнение которого было непререкаемо, даже если он и неверно оценивал обстановку. Как свидетельствуют документы, в то время внешняя разведка выполняла в основном информационные функции, аналитическая работа – необходимая часть разведывательной деятельности – не велась. Руководство внешней разведки в канун войны подготовило календарь сообщений зарубежных агентов, работавших в высших военных и государственных учреждениях Германии и информировавших Центр о готовящемся нападении Германии на СССР. Выдержки из агентурных донесений убедительно свидетельствовали о неизбежности близкой войны. И хотя этот документ не содержал разведывательного анализа, но даже в этом виде он не был подписан наркомом госбезопасности СССР В. Н. Меркуловым, знавшим о негативной реакции И.В. Сталина на доклады подобных материалов.