30 июня 1941 г. НКГБ СССР был издан приказ «Об агентурно-оперативной работе на железнодорожном транспорте и предприятиях оборонной промышленности» [217] . Согласно этому приказу в целях обеспечения успешной борьбы с вредителями, диверсантами и шпионами на железнодорожном транспорте и на предприятиях оборонной промышленности» во 2-м управлении НКГБ создавались специальные отделения.
Задача борьбы с вредителями в тот период не вытекала из политической и оперативной обстановки. Во время войны советские люди отдавали все свои силы на разгром врага, всемерно укрепляли обороноспособность страны.
В связи с объединением НКГБ и НКВД СССР в единый Народный комиссариат внутренних дел СССР органы государственной безопасности руководствовались в своей работе приказами, инструкциями и указаниями НКВД СССР.
В сложной обстановке войны остро встал вопрос о необходимости централизованного руководства обеспечением безопасности государства и его Вооруженных Сил. ЦК ВКП(б), Государственный Комитет Обороны СССР и СНК СССР признали целесообразным объединить усилия органов государственной безопасности, внутренних дел и военной контрразведки и направить их на отпор врагу: борьбу с подрывной деятельностью разведки фашистской Германии, оказание всемерной помощи Вооруженным Силам в проведении боевых операций против немецко-фашистских войск, обеспечение охраны тыла страны от подрывных действий вражеской агентуры, беспощадную борьбу с дезертирами, паникерами, распространителями провокационных слухов, организацию широкой разведывательно-диверсионной и контрразведывательной работы в тылу врага.
В Указе Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 г. говорилось: «В связи с переходом от мирного времени на военные условия работы признать целесообразным объединение Народного комиссариата внутренних дел и Народного комиссариата государственной безопасности в единый Народный комиссариат внутренних дел. Соответствующее объединение органов НКВД и НКГБ произвести в союзных и автономных республиках, в краях и областях». [218]
17 июля 1941 г. и 10 января 1942 г. постановлениями Государственного Комитета Обороны органы военной контрразведки армии и флота были выделены из НКО СССР и НКВМФ СССР, преобразованы в особые отделы и подчинены НКВД СССР. В НКВД СССР на базе ранее существовавших 3-х управлений НКО и НКВМФ было образовано Управление особых отделов НКВД СССР, в составе которого находился отдел по обслуживанию Военно-Морского Флота. [219]
Данная структура органов государственной безопасности просуществовала до апреля 1943 г.