Упустив Помпея, который забрал почти весь имеющийся флот в этой части Италии, Цезарь понимал, что война затянется. Но он стоял перед выбором — собирать суда и переправляться через море или же лишить Помпея его главного козыря, легионов в Испании, пока они еще остаются без своего военачальника. Как пишет Светоний, «перед отъездом он сказал друзьям, что сейчас он идет на войско без полководца, а потом вернется к полководцу без войска».
Вернувшись после девятилетнего отсутствия в Рим, Цезарь вскоре покидает его, поручив Марку Антонию командовать войсками в Италии, а Эмилию Лепиду управлять Римом.
В Испании Помпей располагал семью легионами, которыми руководили легаты Марк Теренций Варрон, Марк Петрей и Луций Афраний. Из них самым преданным Помпею был старый служака Петрей. И самым опытным командиром к тому же. Поэтому Цезарю на первых порах было нелегко, ему приходилось терпеть поражения, войска попадали в засады, линии снабжения неоднократно перерезались, и легионерам приходилось голодать. Но постепенно он начинает перехватывать инициативу, а у города Илерты (ныне Лерида) он хоть и не одерживает убедительную победу, но борьба ведется на равных. Войско Помпея начинает отступать в глубь Испании, чтобы пополнить ряды новыми силами, но Цезарь переигрывает Петрея в маневренности и, обогнав его, блокирует проходы. Оба войска становятся лагерем, не вступая в решительное сражение. А поскольку и там и там находятся римляне, то они начинают общаться друг с другом, солдаты Цезаря нахваливают своего полководца, который, в отличие от Помпея, разделяет со своими легионерами вся тяготы военной жизни.
«Афраний и другие вожди уже решили уступить Цезарю Испанию с тем, чтобы он отпустил их невредимыми к Помпею. Но Петрей противился этому и, рыская по лагерю, убивал тех из солдат, кого он заставал в сношениях с воинами Цезаря. Даже кого-то из своих командиров, противившихся ему, он умертвил собственной рукою. Вот почему, негодуя на суровость Петрея, его люди все больше и больше обращались мыслями к гуманному Цезарю. Когда вдобавок ко всему Цезарь отрезал их еще и от воды, беспомощный Петрей вместе с Афранием вступил с ним в переговоры под наблюдением войска с той и другой стороны. Было решено, что они уступят Цезарю Испанию, а Цезарь отведет их невредимыми к реке Вару и оттуда отпустит к Помпею. Придя к этой реке, Цезарь собрал тех из воинов Петрея и Афрания, которые были из Рима и Италии, поместил их на такое место, откуда можно было слушать, и сказал им следующее: «Из вас, враги (пользуясь пока этим словом, я сделаю мою мысль яснее для вас), я не приказал никого убивать: ни тех, которые были посланы вперед для занятия лагеря и сдались мне, ни остальное ваше войско, когда я отрезал ему воду, и это несмотря на то, что до того Петрей убил тех из моих воинов, которые были захвачены за рекой Сикорис. Если вы чувствуете ко мне какую-нибудь благодарность, расскажите об этом всем солдатам Помпея».