После нападения Японии на Пирл-Харбор и начала войны на Тихом океане Джон Кеннеди подает заявление о приеме в армию. Сначала оно отклоняется из-за болезни его позвоночника. Все же ему удается поступить на службу в военно-морской флот. В конце 1942 года Джон Кеннеди получает назначение в отряд торпедных катеров ВМС США. В 1943 году молодого офицера направляют в южную часть Тихого океана, где он командует торпедным катером.
2 августа 1943 года Кеннеди едва не погиб, когда в штормовую темную ночь в проливе Фергюсона японский эсминец «Амагири» таранил его торпедный катер РТ-109, расколов судно пополам. Сильный удар бросил стоявшего у штурвала Кеннеди на палубу. «Так вот как погибают!» — только и успел подумать он. Кеннеди ударяется о палубу больной спиной. Экипаж мгновенно затонувшего торпедного катера, в том числе и Кеннеди, оказался в воде. Японский миноносец скрылся во мгле так же внезапно, как и появился, не подобрав никого из американцев. Кеннеди и его люди (из 13 членов экипажа погибли 2) некоторое время держались на воде, уцепившись за обломки катера, а затем с трудом вплавь добрались до ближайшего небольшого островка, с которого их затем, после длительных мытарств, снял американский спасательный отряд.
Война, однако, не была так милостива к его старшему брату пилоту Джо. Бомбардировщик, в котором он находился, по неизвестной причине взорвался во время полета в направлении немецкой базы подводных лодок. Это случилось в 1944 году.
После окончания второй мировой войны Кеннеди пробует свои силы на журналистском поприще. В июне 1945 года в качестве представителя херстовской прессы он направляется на Сан-Францискую конференцию, где, как известно, было достигнуто соглашение об учреждении Организации Объединенных Наций. Кеннеди не понял значения ООН и был разочарован принятым Уставом этой международной организации. В это время он увлекался утопической идеей создания мирового правительства, высказывался в пользу отказа государств от своего суверенитета, считая, что это единственный надежный путь предотвратить новые войны. Кеннеди откровенно заявлял, что настроен «пессимистично в отношении будущего своей страны».
Вскоре Джон Кеннеди расстается с журналистикой. У него просыпается желание попытать счастья на ринге политической борьбы. Эти планы Кеннеди находят самую энергичную поддержку у его отца, который после смерти старшего сына стал возлагать па Джона свои честолюбивые надежды.
Преемственность политической карьеры членов семейства Кеннеди неоднократно затем подчеркивалась Джоном. «Если я умру, — заявил он однажды, — то тогда мой брат Боб захочет стать сенатором, а если что-нибудь случится с ним, то мой брат Тэдди будет стремиться попасть туда вместо нас».