Цезарь подошел к Брундизию 9 марта со своим войском, к этому времени выросшим уже до шести легионов. Он начал осадные работы, кроме того, хотел затруднить Помпею пользование гаванью; однако это ему не удалось, и Помпей с оставшейся частью войска 17 марта погрузился на вернувшиеся из Диррахия суда и тоже переправился на Балканский полуостров. Почти весь наличный флот оказался в его распоряжении. Так как по этой причине Цезарь не смог тотчас же преследовать своего противника, то ему пришлось ограничиться укреплением приморских городов, где он и разместил новые гарнизоны.
Итак, Цезарь за шестьдесят дней стал господином всей Италии, причем, как с удовольствием отмечает Плутарх, «без всякого кровопролития». Поведение Помпея, наоборот, вызвало крайнее недовольство современников. И хотя тот же Плутарх говорит, что отплытие Помпея некоторые считали весьма удачно выполненной военной хитростью, вместе с тем он подчеркивает, что сам Цезарь выражал удивление, почему Помпей, владея хорошо укрепленным городом, ожидая подхода войск из Испании и, наконец, господствуя на море, тем не менее оставил Италию.
Особенно горькое разочарование переживали сторонники Помпея. Корреспонденция Цицерона дает яркое представление о подобных чувствах и настроениях. Цицерон вернулся из своей провинции 4 января 49 г., т. е. накануне перехода Цезаря через Рубикон, и с первых же дней вспыхнувшей войны его тревожило и смущало поведение Помпея. Сначала он еще довольно осторожно высказывался по поводу того, что Помпей «слишком поздно начал бояться Цезаря», затем он явно неодобрительно и даже насмешливо сравнивал его с Фемистоклом, а в конце января прямо говорил о неспособности Помпея как военачальника.
И наконец, в письме к Аттику от 24 февраля дана как бы итоговая оценка всех действий Помпея: «Он вскормил Цезаря, он же вдруг начал его бояться, ни одного условия мира не одобрил, для войны ничего не подготовил, Рим оставил, Пиценскую область потерял по своей вине, в Апулию забился, наконец, стал собираться в Грецию, не обратившись к нам, оставив нас непричастными к столь важному и столь необычному решению».
После Брундизия Цезарь направился в Рим. Здесь его ожидали с трепетом. Это относится в первую очередь к сенату, вернее к тем представителям сенатского «болота», которые и не хотели уезжать, и боялись оставаться. По дороге в Рим Цезарь сначала в письме, а затем при личной встрече убеждал Цицерона вернуться и принять участие в заседании сената, назначенном на 1 апреля. Цицерон отклонил это предложение, чем, конечно, вызвал недовольство своего могущественного собеседника.