Бейкеру и его людям в конце концов посчастливилось напасть на след Бута. Актер и Геролд были настигнуты в ночь с 25 на 26 апреля на ферме Гаррета. Сарай, запертый на висячий замок, где скрывались Бут и Геролд, был окружен отрядом солдат под командованием лейтенанта Эдварда Догерти и разведчиками, возглавляемыми подполковником Эвертоиом Конджером и лейтенантом Лютером Бейкером, двоюродным братом шефа секретной службы. Бут отказался сдаться, но Геролд поспешил выбраться из амбара и был немедленно схвачен преследователями. Актер все еще продолжал упорствовать, и сарай подожгли. Неожиданно раздался выстрел, и Бут был смертельно ранен. Солдаты взломали дверь и вынесли его из горящего строения.
Кто выстрелил в Бута вопреки прямому указанию военного министерства захватить преступника живым? Сержант Корбетт заявил, что это сделал он. Через 22 года сын фермера Роберт Гаррет будет утверждать, что видел Корбетта, стрелявшего в Бута. Но в 1865 г. Роберту Гаррету было всего 12 лет, и вообще в его показаниях много неясного. Подполковник Конджер также заверял, что видел, как стрелял сержант Корбетт. Однако, судя по показаниям других лиц, с места, где стоял в момент выстрела Конджер, нельзя было видеть Корбетта. Лейтенанту Бейкеру показалось, что выстрелил сам Конджер! Впоследствии он заявил в своих показаниях: «Я тогда предполагал, что Конджер застрелил его, и спросил: «Зачем вы его застрелили?» Он ответил: «Я не стрелял в него». Тогда мне пришла в голову мысль, что, если он и стрелял, лучше, чтобы об этом не знали». Стентон, когда ему доложили официальную версию, что Корбетт нарушил приказ и застрелил Бута, воскликнул: «Мятежник мертв — патриот жив. Он спас нас от продолжающегося возбуждения, отсрочек и издержек. Патриота следует освободить!» Позднее был пущен слух, что у сарая, помимо главной двери, была еще запасная, через которую, возможно, скрылся преступник. Он мог бежать либо до того, как подоспели солдаты, либо даже после их прибытия, если они не заметили этого бокового выхода. Бут или человек, которого считали Бутом, жил еще некоторое время после выстрела и был в полном сознании. Однако никто из присутствовавших не подумал задать ему напрашивающийся вопрос — стрелял ли он в себя. У Бута обнаружили небольшую красную тетрадь-дневник. Открытые наудачу подполковником Конджером страницы были заполнены разглагольствованиями, полными хвастливого самолюбования, повторением имен Брута, Вильгельма Телля или перефразированными репликами из сыгранных Бутом ролей.
Забегая вперед, надо сказать, что первоначально власти вообще умолчали о дневнике, о нем не было сказано и на процессе заговорщиков. Лишь через два года уволенный в отставку Бейкер опубликовал «Историю секретной службы Соединенных Штатов», в которой сообщил о существовании дневника. Юридическая комиссия, производившая расследование обстоятельств убийства Линкольна, попросила Бейкера под присягой повторить свое утверждение о дневнике. Бейкер не только сделал это, но и добавил, что с тех пор из тетради были вырваны некоторые страницы. Генеральный прокурор армии Холт в тот же день поспешил под присягой объявить, что документ был сохранен в целостности и неприкосновенности. Но Холт не мог знать, какой вид первоначально имел дневник, так как получил его из рук своего начальства в военном министерстве. Позднее Холт, пытаясь отвести подозрения от Стентона, утверждал, что страницы, возможно, были вырваны самим Бутом, опасавшимся дать властям какие-то сведения о своих сообщниках. Стентон поддержал версию о том, что тетрадь попала к нему с вырванными страницами.