Бейкер, правда, утверждал обратное, но он находился уже в ссоре с военным министерством и вообще, мягко выражаясь, отнюдь не являлся образчиком человека, сообщавшего только и единственно одну лишь правду. Скорее ему приходилось говорить ее — правду — лишь от случая к случаю. Был ли это такой случай? Обратились к свидетельству полковника Конджера — тот не мог ничего припомнить определенного: «кажется», дневник был с вырванными страницами. При последующем допросе Бейкер показал (и это подтвердил Конджер), что Стентон принял дневник без всяких расспросов. Трудно поверить, зная характер Стентона, чтобы он поступил так в случае, если бы дневник уже был с вырванными страницами. Последующие показания Бейкера о том, что через несколько дней после захвата Бута он якобы нашел одну из исчезнувших страниц, разорванную на мелкие клочки (это было письмо к некоему доктору Стюарду с просьбой о предоставлении убежища), еще более запутали картину. Загадка вырванных страниц так и не была разрешена.
Тело Бута доставили на военный корабль. В Вашингтоне труп предъявили нескольким лицам, знавшим Бута. В их числе был доктор Д. Ф. Мей, который за два года до этого делал Буту операцию по удалению опухоли на шее. След от операции служил дополнительным доказательством, это был труп Бута. Впоследствии протокол об опознании тела многократно подвергался критическому разбору. В нем находили отдельные противоречия, сомнительные места, вроде замечания Мея, что труп очень сильно изменился и что повреждена была правая нога (тогда как Бут 14 апреля сломал левую ногу). Для опознания не привели почему-то посаженного в тюрьму старшего брата Бута — Эдвина. Понятно, что симпатизировавшие Югу да и просто любители сенсаций сразу пустили слух, будто убитый на ферме Гаррета — не Бут, что подмена была произведена с целью получить обещанную награду и вывести правительство из неудобного положения, поскольку оно не смогло организовать успешный розыск убийцы.
Много позднее были высказаны подозрения, что, быть может, какие-то влиятельные люди сознательно дали Буту уйти от преследования.
В 1869 г. президент Джонсон разрешил родным преступника перезахоронить тело на кладбище. Эту церемонию многие рассматривали как инсценировку, тем более что при новом погребении Эдвин Бут так и не взглянул на труп и, следовательно, не мог «опознать» его. Правда, это сделали остальные участники похорон, в том числе другой брат Бута — Джозеф. Но даже если бы они и убедились, что хоронят тело чужого человека и что, следовательно, их брат жив, они, вероятно, промолчали бы об этом.