Помимо потерь, сопровождавших боевые вылеты, на боевом духе летчиков Aeronautica Reppublicana отрицательно сказывалось откровенное нежелание немцев передавать своим союзникам столь необходимые самолеты. Наоборот, высшее командование люфтваффе попробовало ввести в ВВС Итальянской фашисткой республики свою систему воинских званий. Тем не менее, попытка сформировать независимые ВВС, Legione Aerea Italiana, была предпринята в конце августа 1944 г. Успеха она не имела.
После того как Италию покинули истребительные группы люфтваффе, которые потребовались для усиления обороны Третьего Рейха от налетов тяжелых бомбардировщиков, истребители II Gruppo Caccia в одиночку дрались в небе Италии вплоть до ноября 1944 г. В декабре 1944 г. личный состав I Gruppo Caccia прибыли в Германию для переучивания на Bf. 109G. Группа вернулась в Италию незадолго до окончания войны. Пилоты группы не сумели сбить самолетов противника, зато личный состав понес ощутимые потери в людях и технике.
2 апреля 1945 г. стал самым черным днем в короткой истории группы. 24 истребителя Bf. 109G взлетели с аэродромов Авиано и Озоппо. Над Чеди истребители перехватили большую группу бомбардировщиков В-25 под эскортом «Тандерболтов» 375-го истребительной эскадрильи ВВС США. В воздушном бою итальянцы понесли катастрофическое поражение, потеряв не менее 14 мессершмиттов, шесть летчиков погибло.
Последний боевой вылет летчики фашистской республики выполнили 19 апреля 1945 г. В нем приняли участие обе Gruppi. Летчики I Gruppo заявили об одном сбитом «Либерейторе». Перед всеми 26 истребителями II Gruppo стояла задача перехватить крупную группу «Митчеллов». Итальянцы прорвали завесу «Мустангов» только, чтобы получить порцию свинца — пять самолетов макаронники потеряли от огня воздушных стрелков средних бомбардировщиков.
В самом конце войны командир I Gruppo maggiore Андриано Висконти согласился на почетную капитуляцию с местными партизанами. Через несколько часов майора и его адъютанта sottotenente Стефани повесили на дверях казармы в Милане.
Окрашенный полностью в зеленый цвет истребитель Re. 2001 из 2-й группы, на киле машины заметна эмблема группы.
Крайний слева — сототененте Карло Сегапти из 2-й группы (пять побед, из них — четыре над Мальтой). 12 июля 1942 г. его сбил над Мальтой канадец Джодж Бюрлинг, в том же бою погиб и командир группы Альдо Курантотти.
После объявления войны Германии 13 октября 1943 г. итальянское правительство юга страны заключило военный союз со странами антигитлеровской коалиции, однако союз этот был не полный. Так же как и Aeronautica Reppublicana, Aeronautica Co-Belligerante испытывали серьезную нехватку самолетов, запасных частей, подготовленного летного состава, топлива и даже помещений для размещения личного состава.