Гиммлер все время поддерживал связь с Гейдрихом, и именно Гейдрих, а не Гиммлер осуществлял контроль за конференцией, организованной Эйхманом 20 января 1942 года в Ваннси, где с обычным циничным бюрократизмом обсуждались различные фазы «окончательного решения». Для 11 миллионов евреев и полукровок, проживавших, по оценкам Гейдриха, в Европе, обсуждались различные виды умерщвления перегрузками, депортация, стерилизация и уничтожение. Единственные евреи, которых временно освобождали от этих мер, были те, кто был занят на военных работах по срочному заказу министерства Геринга. Все присутствующие, как лидеры СС, так и правительственные чиновники, заверяли, что поддержат все вышеназванные акции, а Тирак, министр юстиции, официально благословил предложения и передал СС все полномочия, касающиеся еврейского вопроса. Подали коньяк, и докладчики заговорили громче и веселее. Затем Гейдрих, который, согласно показаниям, данным Эйхманом в 1961 году в Иерусалиме, созвал конференцию лишь из тщеславия и желания укрепить свою власть над судьбой евреев, уехал в Прагу, где 4 февраля провел другую секретную конференцию со своими помощниками с целью объяснить свой долгосрочный план для Чехословакии, заключавшийся в массовой депортации миллионов людей, которые не были отобраны для германизации. Под прикрытием общенациональной проверки заболеваемости туберкулезом, проводимой расовыми специалистами, были совершены первые шаги в национальном расовом исследовании.
Эйхман тоже с большим рвением приступил к работе. 6 марта он провел совещание с целью разрешить сложную транспортную проблему, связанную с эвакуацией евреев на восток, и обсудить проблему организованной стерилизации евреев, находящихся в смешанном браке, и их потомства. Гейдрих, вынужденный теперь дольше оставаться в Праге, оставил дела РСХА на Эйхмана и его штаб. Весной, во время визита к нему Шелленберга, Гейдрих был обеспокоен больше обычного. По его словам, Гитлер «все больше и больше полагался на Гиммлера, который… мог использовать свое влияние на Фюрера». Он, казалось, больше не хочет слышать советов Гейдриха, а Борман — Гейдрих чувствовал это — теперь завидовал ему и злился. «Конечно, между ним и Гиммлером, который тоже начинал завидовать, были разногласия». Но и Борман, и Гиммлер обижались на то, что Гитлер был готов совещаться только с Гейдрихом, и Гейдрих теперь был уверен, что Борман, его бывший сторонник, затеял против него интригу.
И при таком положении дел Гейдрих, который очень небрежно относился к собственной безопасности, покинул свой замок и поехал в аэропорт 27 мая, чуть позже 2 часов утра. У крутого поворота его уже поджидали два наемных британских агента, которых высадили с парашютами в Чехии еще в декабре, и ждали приказа об убийстве Гейдриха. У одного был автомат, у другого специальная граната. В решающий момент автомат заклинило, и второй агент швырнул гранату в автомобиль. Гейдрих, который, казалось, не пострадал, выпрыгнул из машины и бросился за своими противниками, паля из револьвера, а они пытались спрятаться от пуль за двумя остановившимися автомобилями. Внезапно Гейдрих упал; у него было внутреннее повреждение основания позвоночника в результате взрыва гранаты. Прибыла чешская полиция и спешно повезла страдавшего от страшной боли Гейдриха в больницу. Оба агента в это время скрылись, но они погибли через три недели, оказав сопротивление при аресте.