Вторым по значению было Духовное управление мусульман Закавказья (ДУМЗак). Оно фактически стало преемником созданных еще в царское время шиитского и суннитского духовных управлений. Управление включало в себя мусульманские общины Азербайджана, Грузии и Армении. Традиционно руководителем ДУМЗак был азербайджанский шиит-джафарит, имевший духовное звание шейх-уль-ислам, первым его заместителем всегда назначался суннит, имевший духовное звание муфтия. Аппарат ДУМЗак располагался в Баку.
Духовное управление мусульман Северного Кавказа (ДУМСК) располагалось в Махачкале. Руководителем ДУМСК избирался, как правило, представитель одного из дагестанских народов, однако принцип ротации предусматривал периодическое назначение руководителя из числа других народов Северного Кавказа. В конце советского периода руководителем ДУМСК как раз и был назначен балкарец Махмуд Геккиев. Религиозный состав общин, находящихся под управлением ДУМСК, включал в себя преимущественно ханафитов и шафиитов с небольшой долей шиитов-джафаритов. Специфика Северного Кавказа всегда заключалась в сильном влиянии в нем суфийских тарикатов кадирийя, накшбандийя и шазилийя, но в послевоенное советское время их присутствие на Северном Кавказе нельзя было назвать значительным. В частности, это можно объяснить принудительным выселением в 1944 году ряда кавказских народов в районы Средней Азии.
Духовное управление мусульман Европейской части и Сибири (ДУМЕС) руководило мусульманскими общинами на всей остальной территории СССР. Религиозный состав их в основном был представлен мусульманами-ханафитами. Аппарат ДУМЕС располагался в Уфе, однако руководителями управления всегда были татары, причём татары казанские.
Стоит отметить, что на территории СССР локально присутствовали исламские общины, принадлежащие к нетрадиционным для нашей территории мазхабам и течениям. Так, в Дагестане существовали небольшие группы эндемичных салафитов, которые в советский период рассматривались скорее как секты. Их неагрессивный характер и отношения, направленные внутрь общин, позволяли Советской власти относиться к ним вполне терпимо.
После окончания правления Н.С.Хрущёва системные гонения на мусульман были прекращены, сложившаяся система управления мусульманскими общинами сформировалась, и ислам наравне с православием стал активно вовлекаться в международные миротворческие программы СССР, демонстрирующие в частности, дружественные отношения между христианами и мусульманами СССР. Это заложило основы межрелигиозных отношений, существующих и по сей день.