В своих показаниях Блай снял вину с Нормана, Макинтоша, Коулмена и Бирна, зато гардемарин Хейвуд и помощник боцмана Моррисон с ужасом услышали, что их он причисляет к мятежникам.
— Я протестую, ваша светлость, — бойко заявил адвокат Хейвуда. — Капитан Блай находился в баркасе и не видел, как моего подзащитного под дулом пистолета принудили остаться на борту «Баунти». Гардемарин Хейвуд покинул мятежный корабль, как только представилась такая возможность.
— Суд разберётся, — холодно заметил Худ — Впредь попрошу не перебивать секретаря. Каждый из вас ещё получит слово, чтобы блеснуть красноречием
Все свидетели единодушно заявили об участии в мятеже Эллисона, Беркетта, Миллуорда и Маспретта. В отношении остальных обвиняемых показания полярно расходились.
Мятеж на «Баунти» широко освещался в прессе. Старший брат главного мятежника Эдвард Флетчер, профессор юстиции Кембриджского университета, внимательно следил за ходом процесса и провёл целую кампанию по дискредитации командира «Баунти». Эдвард Флетчер добился опубликования записок участников плавания, где они пытались доказать, что поведение самого Блая вызвало бунт. Понятно, что брат Кристиана Флетчера был сильно заинтересован в этом. Иная интерпретация событий ложилась пятном на всю семью и могла повлиять на карьеру самого профессора.
Но в ходе следствия выяснилось, что за всё время плавания капитан «Баунти», «зверь в облике человека», только одиннадцать раз применял телесные наказания. По сравнению с тем, что творилось на других английских кораблях конца XVIII столетия, условия на «Баунти» можно считать курортом. За один только побег с корабля на Таити Черчилля, Миллуорда и Маспретта другой капитан мог забить матросов до смерти и не услышал бы ни одного упрёка от командования. Даже великодушный и сердобольный Кук несколько раз приказывал обрезать уши провинившимся матросам, но за великими открытиями такие поступки плохо просматриваются и их стараются не замечать.
После шести дней разбирательства суд признал виновными Питера Хейвуда, Джеймса Моррисона, Томаса Элиссона, Джона Миллуорда, Уильяма Маспретта и Томаса Беркета. Все они приговаривались к смертной казни через повешение. Не успели Хейвуд и Моррисон придти в себя от потрясения, как адмирал Худ добавил, что в отношении них суд ходатайствовал перед королём о помиловании. Георг III удовлетворил прошение.
Для активных мятежников Беркетта, Миллуорда и Эллисона суровый приговор был более или менее справедливым, но не для помощника кока Маспретта, который во время мятежа ощипывал кур для офицерского сгола. Дело в том, что никто из свидетелей не подтвердил желание кока последовать в баркас за капитаном Блаем.