Но это была не старая туземная религия, а ее новый, египетский вариант — подпольный христианский культ.
Под властью языческого Рима тайный культ Христа был культом голодного колониального ремесленника, восставшего раба, мятежного крестьянина и жестоко угнетенных меньшинств. В доплатоновском христианстве они нашли очень простую веру, которая якобы могла поддержать их в страданиях и сплотить для сопротивления. Но как религия христианство было не совсем новым для Египта. В V томе «Истории Египта» (1898) Дж. Милн писал: «Вполне возможно, что понятие Троицы, существовавшее в раннем еврейском христианстве, можно проследить до его египетских истоков. Вся старая египетская теология была пронизана идеей тройственного божества…» Не только Троица, но и старые египетские представления о воскресении из мертвых, Судном дне, искуплении грехов, аде и рае, загробной жизни, кресте (по-египетски: анх), об Исиде с ее ребенком Осирисом, о Горе, побеждающем крокодила (дракона), — все они корнями уходят так глубоко в эпоху фараонов, что почти невозможно докопаться до их происхождения. Поэтому христианство чувствовало себя в Египте как дома.
Примерно в 323 году н. э. Рим, переживавший эпоху упадка, принял христианство, и в Египте неожиданно появились две христианские религии: коптское христианство угнетенных египтян и мельхитское (православное) христианство угнетавших их римских правителей. В этих условиях раскол между христианством господ и более старым христианством порабощенных был неизбежен, тем более что египтяне ненавидели Рим. Внешним проявлением раскола явился спор о природе Христа. Копты утверждали, что у Христа была «одна природа», и только одна — божественная, «особая, но неделимая». По утверждению их православных противников — мельхитов, Христос обладал двойственной природой — божественной и человеческой. Казалось бы, речь шла о незначительном расхождении в доктринах, но римская православная церковь воспользовалась им, чтобы приняться за уничтожение египетских коптов. Формально коптское христианство считалось теперь легальным, но римляне продолжали казнить коптов — отныне во имя христианских догматов.
На протяжении трехсот лет римская и византийская церковь старались подавить дух народа и сопротивление египетских крестьян, но египтяне продолжали бороться, пользуясь коптской догмой как своей национальной идеологией. Район старой крепости Вавилона был ареной наиболее острых конфликтов — римляне старались сохранить Вавилон как свой главный военный оплот в центральном и южном Египте. Старый канал был заброшен, но город оставался важным портом для перевозок вниз по течению зерна в Рим и Константинополь. Здесь всегда было много египетских торговцев, ремесленников, крестьян и лодочников, и все они участвовали в сопротивлении Риму.