Конфликту с Римом пришел конец, лишь когда северные границы Египта пересекли арабские всадники с развевавшимися на копьях зелеными вымпелами их новой религии. Силы арабов, направившихся прямо к Вавилону, насчитывали не более 3500 всадников, тогда как только в районе Вавилона находилось больше 20 тысяч римских солдат. 640 год н. э. ознаменовался битвами вокруг Вавилона и Гелиополиса, но в конце концов арабы окружили вавилонский форт и потребовали капитуляции.
В форту находился римский вице-король Египта, мельхитский епископ Кир, который последние десять лет особо жестоко преследовал египетских коптов. Во имя византийской церкви он подвергал тысячи людей поркам, сжигал их на кострах, топил в реке и предавал пыткам. За эти десять лет он закрыл все коптские церкви, сослал священников и загнал религию в подполье. Последователей коптской идеологии, бросавших вызов Риму, убивали на месте. Именно Киру и предстояло защищать Вавилон.
С историей захвата форта арабами всегда связывают какую-то таинственную фигуру «Макоукуса», которого считали коптским предателем, способствовавшим капитуляции Вавилона. Однако английский ученый А. Батлер, ставший в 1880-х годах наставником сыновей хедива, блестяще доказал, что таинственным «Макоукусом» был не кто иной, как сам епископ Кир, который искал компромисса с арабами, чтобы избежать унизительной капитуляции и потери награбленного добра.
Арабский военачальник Амр ибн аль-Ас предложил Киру классический мусульманский выбор: или прими ислам, или плати выкуп, или бейся насмерть. Кира не устраивал ни один из вариантов, но положение становилось безвыходным. Одним из парламентеров Амра был негр по имени Убада ибн ас-Самит, и христианский епископ Кир был так шокирован, что заявил эмиссарам: «Уберите этого чернокожего, я не намерен вести с ним переговоры». Арабы пояснили ему, что Убада (он принадлежал, кстати, к избранной группе лиц, именовавшейся «Спутники пророка») назначен самим Амром и что в глазах мусульман черные и белые равны. А Убада добавил: «Среди наших спутников тысяча таких же черных людей, как и я…» — и подтвердил свою горячую веру в бога и учение ислама. Кир был совершенно потрясен и обратился к одному из своих соратников: «Ты слышал? Боюсь, что бог послал этих людей, чтобы они погубили мир».
В конечном итоге епископ Кир согласился выплатить дань, и Амр разрешил ему плыть через Александрию в Константинополь, где он должен был получить деньги от римского императора Ираклия. Император отказался платить, сослал Кира и приказал находившимся в Вавилоне легионам сопротивляться. Битвы продолжались до апреля 641 года, когда арабы под предводительством романтического героя Зубайра штурмом взяли форт. Зубайр первым взобрался на неприступные стены Вавилона. С криком «Аллах велик!» он бросился в атаку, но увидел, что с обеих сторон стену преграждали кирпичные барьеры и добраться до лестницы, ведшей во двор форта, невозможно. Пока Зубайр в бешенстве метался на площадке стены, римский командующий спокойно вышел из ворот и сдал крепость Амру. Зубайр был вне себя от гнева и позднее говорил Амру: «Если бы ты подождал немного, я бы спустился в форт и заставил их капитулировать».