Правоверных религиозных патриотов всегда печалил тот факт, что аль-Кахиру основал не ортодоксальный мусульманин, а шиит, то есть приверженец секты, которую сунниты-египтяне считают еретической. Раздоры между суннитами и шиитами имели большое значение для последующих двухсот лет истории Каира.
Ортодоксальные сунниты верят в авторитет «сунны» (буквально «предание»), как они называют всю совокупность традиций и толкований законов, установленных Кораном. Сунна считается не менее важной, чем сам Коран. Принятый суннитами метод буквального толкования доктрины применялся и в вопросе о том, кто должен был стать руководителем правоверных после смерти Мухаммеда. Поскольку Мухаммед не сказал ни слова о своем преемнике, сунниты полагали, что им должен быть изображенный халиф исламского мира, в руках которого в дальнейшем находилась бы и законная светская власть.
С другой стороны, шииты («шиа» — «раскол» — арабск. яз.) утверждали, что слово Корана абсолютно и священно и что светская власть в мире ислама должна оставаться в руках семьи Мухаммеда, то есть потомков двух сыновей дочери пророка — аль-Хасана и аль-Хусейна. По имени дочери Мухаммеда Фатимы была названа и шиитская династия — фатимиды. Первоначально фанатические, склонные к мистицизму шииты были небольшим мусульманским меньшинством, рвавшимся к власти и считавшим, что любые средства оправдывают цель. Так, например, они без зазрения совести выдавали себя за суннитов, чтобы проникнуть в их среду и бороться с ними изнутри, или делали вид, что отрекаются от своей веры. Шииты верили в продолжение жизни после смерти и неизбежность прихода «махди», который не умирает. К шиитам принадлежала секта «ассасинов» (убийц), а также современные дервиши и исмаилиты.
Фатимидский халиф Муиз, пославший в Египет Гаухара, обосновался в новом королевском городе аль-Кахире в 973 году. После этого фатимиды-шииты правили Египтом двести лет, несмотря на жестокое сопротивление суннитских халифов Багдада. Фатимиды восстановили против себя население Египта больше всего проповедью своей доктрины с помощью хитрых и лживых приемов. Они предлагали народу показную религию, а на самом деле исповедовали другую, настоящую. Им так и не удалось обратить в шиитскую веру практически мыслящих египтян, которые еще не забыли тех же лицемерных методов византийского христианства. Из этого понятно, почему фатимидам для управления Египтом приходилось пользоваться услугами христиан и евреев, особенно христиан, с которыми они заключили прочный союз. У них было много общего с христианами, ибо они тоже верили в приход мессии, которому суждено спасти мир благодаря его божественной сути, исключающей возможность ошибок и грехов.