Практически эта первая попытка захватить Египет ничем не кончилась: как Амаури, так и сельджукский генерал Ширкух отвели войска. Точнее, они договорились об уходе из Египта.
В 1168 году Амаури-христианин возвратился в Египет и, как бы желая доказать серьезность своих намерений, перебил все население города Бильбейса. Он начал наступление на аль-Кахиру, и правитель Египта Шавар приказал сжечь Фостат — Миср. Трудно сказать, был этот шаг глупым или разумным с точки зрения военной стратегии, но Шавар отличался такой хитростью и коварством, что от него можно было ожидать любой выходки. За пять лет до этого Шавар занимал пост фатимидского губернатора Верхнего Египта, но перешел на сторону сельджуков в Дамаске и заключил сделку с Hyp ад-Дином, обещавшим назначить его первым министром Египта. Когда сельджуки сделали первую попытку захватить Египет, им удалось поставить Шавара у власти в аль-Кахире, но именно он и просил Амаури помочь ему избавиться от сельджуков. Теперь же, когда Амаури готовился к штурму аль-Кахиры, Шавар снова переметнулся к сельджукам, запросив помощи у Hyp ад-Дина.
Hyp ад-Дин согласился и направил генерала Ширкуха и его племянника Саладина с армией, приказав им изгнать крестоносцев. Эта задача была не из трудных, так как избиение в Бильбейсе пробудило ненависть населения к крестоносцам, и они не чувствовали себя в безопасности в этой стране. Амаури пришлось бежать, и сельджуки оказались победителями.
Из-за анархии и смятения в аль-Кахире после пожара Фостата — Мисра сельджуки решили действовать осторожно и временно оставили на троне молодого халифа аль-Адида. Hyp ад-Дин назначил Ширкуха визирем Египта, но тот вскоре умер, так и не приняв каких-либо серьезных решений. Проблемы Египта унаследовал его племянник Саладин, ставший визирем 2 марта 1169 года. Хотя он недолго оставался в Египте, Каир ощущал на себе его незримое влияние до самого конца английской оккупации.
Прежде всего Саладин хотел изгнать из мечетей дух шиитских доктрин и заменить их учением суннитов, но после разрушения Фостата — Мисра он еще не мог уловить истинных настроений народа и не решался на окончательный шаг. Только через год он приказал, чтобы пятничные молитвы читались за здравие аббасидского халифа, а не шиитского.
Никто не возражал, и эта реформа, как ничто другое, символизировала конец фатимидского правления в Египте.
Фатимиды пока еще жили в богатых дворцах аль-Кахиры. Саладин их не трогал. Но вскоре молодой халиф аль-Адид умер, и визирь начал действовать. Он занял королевские дворцы в аль-Кахире и немедленно изгнал 18 тысяч фатимидских родичей из города. Макризи пишет, что среди них было всего 252 мужчины (все члены семьи халифа), но, чтобы у фатимидов не было потомства, Саладин выселил мужчин и женщин в разные районы.