Хотя французам и удалось высадиться в Египте, разгром их флота под Абукиром лишил Наполеона безопасной связи с Францией. Можно считать, что он потерпел поражение в Египте еще до покорения его, так как не смог получать подкрепления из Франции. Высадка прошла достаточно успешно, и Наполеон без труда занял Александрию. Но по мере продвижения к нильской дельте он встретил первые признаки народного сопротивления, причем Виван Денон, сопровождавший Наполеона, писал, что против французов сражались не столько солдаты, сколько крестьяне и горожане. Разбив армию мамлюков под Эмбабой, Наполеон, прежде чем войти в Каир, послал за шейхами города и уведомил их, что намерен создать для управления страной и разработки законов Великий диван из десяти шейхов. 25 июля 1798 года Наполеон вступил в Каир и занял новый дворец Мухаммед-бея аль-Алфи, который, затратив на дворец огромные средства, так и не успел пожить в нем.
С Наполеоном в Каир вступил лишь небольшой отряд солдат. В качестве меры предосторожности он оставил армию на другой стороне Нила. Египетское население Каира пока не принимало участия в вооруженном конфликте. До этого времени за оборону Египта отвечали мамлюки, которые оказались совершенно беспомощными. Сами египтяне еще не осознали, что ответственность теперь лежит на них, потому что были ошеломлены поначалу новыми «хозяевами».
Поэтому в первые дни французские солдаты ходили по улицам Каира без оружия и никого не задевали. Они шутили с египтянами, излишне щедро платили за все, что покупали, и жители перестали прятаться. Вскоре уже купцы стали продавать французским солдатам хлеб, сахар, мыло, табак; открылись лавки, и город вернулся к жизни. Французские торговцы, жившие в Каире, чуть ли не за одни сутки открыли французский ресторан для военных (это был вообще первый ресторан в Каире). Египтяне с восхищением смотрели, как люди сидят за столиками, пользуются ножом и вилкой, а затем платят установленную цену. Появились кафе французского типа для французских солдат. В целом французы вели себя тактично и умно.
Наполеон, не теряя времени, укреплял свои военные позиции в Каире. Он не только захватил все стратегические пункты и здания, которые счел важными для обороны города, но и расставил артиллерийские батареи вокруг Каира. С этой «позиции силы» он начал устанавливать более тесный контакт с Диваном шейхов, который после победы под Эмбабой уговорил сотрудничать. Некоторые шейхи принадлежали к мамлюкским семьям, но, по сути дела, были профессиональными религиозными или политическими деятелями. Европейская культура произвела на шейхов сильное впечатление, и Наполеон без труда превратил их в свое главное идеологическое оружие.