В первые же недели Наполеон создал свой знаменитый Египетский институт, чтобы 100 ученых, которые прибыли с ним, могли приступить к работе по изучению египетского прошлого и настоящего. В общем, Наполеона больше интересовало настоящее, а не прошлое, и протоколы первых дискуссий в институте показывают, с какими проблемами столкнулись французы в оккупированном городе. «Гражданин» Наполеон был членом математической секции института и на первом же заседании поднял такой вопрос: «Можно ли улучшить работу печей, в которых выпекают хлеб для армии? И как это сделать?»
«Гражданин» Наполеон просил институт наряду с печами подумать о составлении подробного и точного плана города. Землемеры начали с самого простого — они провели прямую линию от Каира до Нила и установили, что расстояние это равно 1042 метрам 36 сантиметрам. На основе этой линии они составили первый точный план Каира, который был затем опубликован в «Описании».
Кроме того, ученые по заданию Наполеона начали изучать город и его нравы. Их интересовало все: торговля, промышленность, труд и язык, и одним из первых появился доклад гражданина Луи Франка о рынке рабов. Все рабы в Каире того времени были африканцы, большинство которых — взрослых и детей — схватили за неуплату долгов. «Хранили» их, как любой другой товар, в местных складах. «Когда европеец впервые приходит на этот рынок. — писал гражданин Франк, — его сердце сжимается от боли при виде голых негров, мальчиков и девочек всех возрастов, матерей с грудными младенцами».
Все эти материалы, очевидно, лежали на столе Наполеона во дворце Эзбекие, и он пользовался ими как данными военной разведки, чтобы крепче держать в руках город. По-видимому, он все же побаивался народного восстания, так как начал сносить ворота у входа в те улицы, которые представлялись ему опасными в военном отношении, а также приказал, чтобы по вечерам зажигали все уличные фонари. Кроме того, желая наконец увидеть реальные признаки подчинения, он издал приказ с требованием, чтобы каждый житель Каира носил кокарду в знак «подчинения и дружбы». Такое давление привело к тому, что население стало проявлять признаки серьезного беспокойства. Огромное количество людей игнорировало приказ о кокардах, и Наполеону пришлось отменить его.
К этому времени почти все, что бы ни предпринимал Наполеон, вызывало недовольство населения. Он пытался сровнять с землей могилы на кладбище в Эзбекие, чтобы окружить дворец красивыми и ровными лужайками, но народ был так враждебен, что ему пришлось отказаться от этой затеи. Он обложил налогом все дома города, и снова население громко и открыто воспротивилось этому плану. Шаг за шагом росло сопротивление, и в конце концов жителей Каира даже само присутствие французов привело в такую ярость, что они устроили демонстрацию около аль-Азхара. Наполеон послал генерала Дюпуи разогнать демонстрантов. Но горожане устроили французам засаду, убили генерала и многих его солдат. Затем заняли все оставшиеся уличные ворота Каира и воздвигли повсюду баррикады. Так началось первое восстание против французов.