Французам не удалось овладеть Сирией. Они были разбиты под Аккой, главным образом силами английских моряков. Наполеон бежал в Каир. Из 12 тысяч солдат, выступивших в поход, осталось только 7 тысяч. Колонны бледных, изнуренных солдат, за которыми двигались телеги с женщинами и детьми, вошли в Каир, и город понял, что французы биты. Все ликовали, а в это время турки уже высаживались в Абукире, около Александрии. Каир с нетерпением ожидал, что вот-вот произойдут большие события. Наполеон перешел к обороне, но все же двинулся навстречу туркам, которые на этот раз не могли полагаться на помощь английских «синих курток». Наполеон легко разбил турецкую армию и привел в Каир тысячи пленных.
Однако все понимали, что новое, хорошо подготовленное наступление англо-турецких войск всего лишь дело времени и неизбежно приведет к поражению Наполеона. И Наполеон бежал во Францию, где после брюмерского переворота стал первым консулом. Он оставил в Каире Клебера в расчете, что тот будет сдерживать противника. Силы сэра Сиднея Смита, разбившего Наполеона под Аккой, подошли к египетским границам вместе с турками, и Клебер, зная, что ему не выиграть сражения, подписал договор об эвакуации из страны (1800).
Как писал миролюбивый аль-Габарти, «подлые обитатели» Каира, ослепленные ненавистью к французам, оскорбляли их и издевались над ними. Французы приступили к эвакуации Каира, а в это время Мурад-бей и другие мамлюки, которые как шакалы бродили вокруг города после поражения под Эмбабой, в 1798 году появились на его окраинах и только ожидали ухода французов, чтобы снова занять город. Поджидали и турки, расположившиеся недалеко от Каира. В течение этих нескольких напряженных недель турки, мамлюки и французы следили за каждым шагом друг друга. А пока что египтяне вновь начали убивать французских солдат на улицах города.
Клеберу нелегко было покинуть Египет, так как у него не осталось судов. Считая, что французы просто тянут время, англичане расторгли подписанный с ними договор. Турки и мамлюки стягивали силы к древнему Гелиополису и делали вид, что готовы напасть на Каир. Клебер оказался в западне: в тылу находился враждебный город, вокруг стояли вражеские войска. Тогда он вышел из Каира и нанес быстрый сокрушительный удар туркам под Гелиополисом. После первой же атаки турецкие офицеры и солдаты бежали. Каирцы, услышавшие стрельбу, вооружились дуби нами. Отступавшие турки и мамлюки оказались в предместьях Каира, и горожане, сражавшиеся против французов, поняли, что им грозит новая опасность — со стороны турок. До сих пор ни один солдат — будь то из армии великих мамлюков или турок — не вступал в бой с французами. Это выпало на долю египтян. Им пришлось сражаться против дисциплинированной армии французов, и делали они это с воодушевлением и решимостью.