Хотя турки и мамлюки потерпели поражение, они были уверены, что французы уже более не способны на серьезное наступление, и поэтому заняли позиции на окраинах Каира. Туркам нужен был козел отпущения, чтобы отвлечь всеобщее внимание от их собственной трусости и неудач, и потому турецкий командующий приказал перерезать всех христиан. Турки знали, что народ настроен враждебно к тем христианам (хотя их было не так уж много), которые сотрудничали с французами. Однако банды, которым поручили избиение христиан, заодно уж брали под арест, убивали и калечили мусульман.
Туркам удалось даже захватить Эзбекие, но французы подвергли их артиллерийскому обстрелу из цитадели. Весь город теперь находился в состоянии гражданской войны, и фактически началось новое народное восстание против французов. Население обратилось за помощью к туркам и мамлюкам, но те отказались сражаться и продолжали укреплять свои позиции в городе. К этому времени народ почти полностью овладел улицами, и французские полки под командованием Клебера открыли по городу артиллерийский огонь из всех фортов, построенных по периметру Каира.
Осажденный город голодал. Шейхи опасались, что французы превратят Каир в руины, и попытались вести переговоры с Клебером. Но когда шейхи возвратились в город, жители осыпали их оскорблениями и срывали с них чалмы. Французы прибегли к новой тактике — они устроили серию поджогов, включая Булак. Каир упорно сопротивлялся. Случилось то, что было неизбежно в этой обстановке: французские войска снова вступили в город, прорвавшись через баррикады у Баб аль-Хадида. И снова первыми сдались турки и мамлюки, согласившись уйти из Каира. Клебер снабдил их верблюдами и деньгами, лишь бы они поторопились. Население хотело расправиться с трусливыми военачальниками турок Осман-беем и Насу, но им удалось забаррикадироваться в мечети. Под насмешливые и оскорбительные крики жителей турки и мамлюки покинули Каир.
Лишенное военной поддержки турок и мамлюков, безоружное население Каира не выдержало натиска французов, и, таким образом, второе восстание было подавлено. Оно длилось 37 дней. Пострадали почти все кварталы Каира, особенно Эзбекие и богатые здания вокруг озера ар-Ратли. Хотя французы думали только о том, как уйти из Каира и добраться до Франции, они все же силой овладели центральной частью города. Без согласия англичан они не могли выйти из города, но англичане не торопились. К этому времени французы и египтяне находились в атмосфере такой взаимной ненависти, что каждый день можно было ожидать нового взрыва.