17 июня 1800 года ударом ножа был убит на террасе дворца Эзбекие генерал Клебер. Новость быстро распространилась по Каиру, и население ожидало, что в отместку за убийство французы уничтожат по крайней мере половину города. Каир затаил дыхание. Но французы побоялись применить излишне суровые меры и с готовностью приняли на веру признание убийцы, азхарита Сулеймана Алепина, что он действовал почти в одиночку, хотя этому вряд ли можно было поверить. Алепина и его трех «сообщников» судили по букве закона и приговорили к смерти. Если французы и пощадили город, то не спустили убийцам. Алепина заставили смотреть, как отрубают головы его сообщникам. Затем французы сожгли правую руку Алепина, посадили его на кол и оставили умирать медленной смертью. По словам английского историка сэра Роберта Вильсона, Алепин умирал три дня. Казни эти проходили как варварский аккомпанемент к медленно двигавшейся тут же похоронной процессии с гробом Клебера.
Поведение французов не отличалось больше ни логикой, ни последовательностью. Они напоминали попавших в капкан тигров, которые еще способны обороняться, но не нападать. Клебера сменил генерал Жак Мену, и не было еще оккупанта в Каире, положение которого было бы более опасным и критическим. Незадолго до этого Мену принял мусульманскую веру и женился на мусульманке (их сын Сайд Солиман Мурад Жак Мену был первым «гражданином», зарегистрированным французами во время переписи населения Каира), но мусульмане не доверяли европейцам, принимавшим их веру. В их глазах Мену оставался французом. Мену бездействовал и просто ждал, чем все кончится. Чтобы хоть как-нибудь исправить тяжелое впечатление от французской оккупации, он организовал в городском парке общественное гулянье и развлечения. Однако празднества были испорчены тем, что французы брали плату за вход в парк, — это удивляло, но отнюдь не веселило жителей города.
8 марта 1801 года английские войска под командованием Ральфа Эберкромби высадились в Абукире. Одновременно турецкие силы подошли к восточной египетской границе у аль-Ариша, и французы поняли, что на этот раз им пришел конец. Мену был неважным командующим, и когда он атаковал англичан у Александрии, они легко разбили его силы. С военной точки зрения он совершил ошибку: ему следовало ждать нападения англичан. Жертвами в этой битве явились два самых прославленных героя Англии: Ральф Эберкромби был убит, а Джон Мур ранен и на следующий день умер в Коруне. Джон Хатчинсон, сменивший Эберкромби, запер Мену в Александрии, открыв морские дамбы и затопив окрестности города. Путь отступления Мену к Каиру был отрезан.