Мухаммед Али немедленно взялся за расправу с мелкими мамлюками, находившимися в деревенских поместьях: тысячи людей были убиты, и число голов на воротах Баб аз-Зувейла росло с каждым днем. 500 человек погибло в цитадели, 3,5 тысячи — на улицах Каира. Решающую роль сыграло избиение первых пятисот человек; с их смертью власти мамлюков пришел конец и завершилась долгая и необычайная история правления этих грузинских рабов в Египте. По подсчетам Камерона, к моменту вторжения Наполеона в Египте было 40 тысяч мамлюков, к 1803 году, когда ушли англичане, около 20 тысяч, а в 1811 году их оставалось, по-видимому, 5 тысяч человек, причем почти все они и были убиты. Камерон называет их «самой беспощадной кликой людей, омрачавших историю страны своей шестисотлетней тиранией и бездельем… Война была их профессией, а грабеж — ремеслом».
Это явное преувеличение, ибо мамлюки были просто примитивными феодалами-помещиками, которых истории следовало смести на несколько веков раньше. В период расцвета они славились как хорошие средневековые воины, в период упадка не могли сражаться даже против невооруженного населения на улицах Каира, а к самому концу показали себя абсолютно бездарными вояками. В XIX веке они воевали лучше турок, но уступали албанцам Мухаммеда Али, что, собственно говоря, ничего не доказывает. Каир получил от них в наследство больше красивых памятников, чем от турок, но и это лишь доказывает, что они властвовали в более щедрую эпоху.
После уничтожения мамлюков Мухаммед Али-паша стал абсолютным повелителем, но вел себя не лучше любого мамлюкского султана. Он немедленно приступил к расширению границ нового королевства, и лучшими генералами стали его любимый сын Тусун и менее любимый сын Ибрагим. По предложению Порты паша начал войну против вахаббитов Аравии, разбил их и овладел всем побережьем Красного моря. Он оккупировал Судан и взялся за модернизацию Египта примерно так, как новый хозяин берется наводить порядок в купленном доме. Он пригласил иностранных специалистов, построил оружейные мастерские, фабрики, верфи, создал в городе систему канализации и послал молодых египтян учиться за границу (в основном во Францию).
Каир под властью этого честолюбивого человека внешне почти не изменился, так как модернизация отвечала лишь его личным интересам, но почти ничего не давала обществу. Его планы были умными и дальновидными, но Каир он пытался удержать на уровне феодально-купеческого рынка. Его планы промышленного развития не были связаны с интересами населения города, о нуждах которого он думал меньше всего. Если в интеллектуальной жизни Каира при Мухаммеде Али появились какие-либо сдвиги, их надо отнести за счет влияния тех французских революционных идей, которые были занесены в эпоху Наполеона.