Справедливости ради надо отметить, что винтовка обр. 1891 года была поначалу воспринята в войсках без особого энтузиазма. Тяжёлые отдача и спуск, по сравнению с винтовкой Бердана, к которой успели привыкнуть в армии, делали стрельбу из винтовки Мосина малорезультативной даже в руках опытных стрелков и офицеров. Что привело к массовому переводу стрелков из высших категорий, полученных при стрельбе из винтовки Бердана, в низшие, из первой во вторую и даже третью. Соответственно с разницей в жаловании.
Первое же боевое применение 17 мая 1898 года показало высокие боевые качества винтовки в руках русского солдата. Произошёл Андижанский бой, когда было совершено нападение более чем 2000 конных и пеших религиозных фанатиков на небольшой андижанский гарнизон с целью дестабилизировать обстановку в регионе и физически уничтожить русское влияние и власть в Ферганской области. Нападение готовилось по всем правилам партизанской войны: были выбраны скрытое сосредоточение и предрассветные часы с расчётом на спящих часовых и отсутствие у них патронов, а также исключительно холодное оружие, чтобы выстрелами не поднять гарнизон на ноги. Стоит упомянуть и такой восточный колорит, как зелёное знамя джихада, окроплённое кровью обезглавленного мещанина Бычкова, раздача освящённых палочек для защиты от пуль и призывы к резне без пощады.
Расчёты боевиков себя не оправдали. Часовые не спали и имели при себе патроны, выстрелами гарнизон был поднят по тревоге, и в течение 15 минут отчаянной стрельбы и рубки хорошо спланированное нападение было отбито, повстанцы повергнуты в бегство с большими для них потерями. При этом, по воспоминаниям участников боя, большая часть солдат в свалке забыла, что из винтовки можно стрелять, и действовала только штыком и прикладом. Часть винтовок не выдержала подобного испытания – «азиатские головы оказались слишком крепкими для прикладов наших винтовок. При ударах от души приклады ломались … штыки оставались в лошадях»
Подобные известия из Андижана о сломанных ложах и штыках, естественно, вызвали тревогу, первое же боевое испытание выявило, что винтовка требует доработки: изменения крепления штыка и усиления ложи. ИТОЗ начал разработку усиленных креплений штыка, за два года было изготовлено 10 вариантов креплений.
Только в начале 1900 года «андижанские» винтовки были доставлены в Офицерскую Стрелковую Школу, где были исследованы на предмет повреждений и поломок. В итоге Комиссия признала все повреждения боевыми, вполне оправданными для ночного рукопашного боя с превосходящим противником. Вопрос о доработке винтовки был снят. Дальнейшие испытания штыков в 1903 году окончательно поставили точку в разработке усиленных штыков и креплений.