Сохранились две четырехгранные угловые башни Большого монастыря, обращенные к озеру: южная — Свиточная, западная — Мереженная. Первая, названная по нижнему помещению, где жили «детеныши» (монастырские слуги), которые «мыли на братию свитки» (одежду), недавно полностью реставрирована. Самая высокая после Грановитой башни, могучая и прекрасная, она величаво возвышается на мысу, с двух сторон омываемом озером. Ее суровые фасады с рядами бойниц оживляют широкие полосы кирпичного декора, которые тремя лентами опоясывают здание. Эффектен и силуэт Свиточной башни с крутым деревянным шатром из «красного» теса. Вторая башня — Мереженная — сохранилась только до уровня общей высоты ограды; она имела входившую в линию стен пристройку — рыболовецкую «палатку», что и объясняет ее название («мережа» — рыболовная сеть). С наружной стороны башню и палатку тоже украшает декоративный пояс из поребрика, нишек и балясин, оставшийся от их прежнего нарядного убранства.
Четыре башни имела и ограда Малого монастыря: две — на углах восточной стороны (не сохранились), а две — в центре продольных стен. От четырехгранной проездной башни с напольной стороны, разобранной еще в XVIII веке, остались лишь следы ворот в виде двух заложенных арочных проемов. Сейчас в древней ограде только одна, так называемая Котельная, или Глухая, башня выходит к озеру. По своему облику она близка Свиточной башне, но ниже, приземистее и шире ее. Этому впечатлению способствует и примыкающая к ней одноэтажная палата, в которой делали «котлы медяные». Нижний ярус башни использовался под воскобойное помещение, где изготовляли свечи. Снаружи широкие полосы декора уже известного нам типа проходят под двумя рядами бойниц и по верху башни (илл, 69). Высокая железная кровля с восьмигранной главой и шпилем появилась в середине XIX века.
Древнерусские мастера-горододельцы XVI века, строившие Старый город, уделяли большое внимание художественной выразительности созданных ими крепостных сооружений. Узорчатый пояс из рядов поребрика и нишек впадин проходил под верхними бойницами стен. На отдельных участках стены он хорошо виден и ныне. Эти же мотивы в сочетании с бегунцом и балясинами звучат и в декоративном убранстве башен. Они образуют нарядные светотеневые полосы, которые значительно оживляют поверхность стен и башен, смягчая их суровый крепостной облик. С помощью декора достигалось также удивительное архитектурное единство всех построек монастырского ансамбля конца XV–XVI веков.
В начале XVII века крепостные сооружения обители были усилены в связи с опасностью нападения отрядов польско- шведских интервентов и «воровских» людей. Работами по «городовому каменному делу» руководил некий старец Исайя. В дальнейшем Старый город неоднократно перестраивался.