В. В. Юнкеру в первом центральноафриканском путешествии предстояло попытаться хотя бы наметить правильные контуры гидрографической сети междуречья Нила и Конго.
В октябре 1875 г. В. В. Юнкер высадился в порту Александрии, но лишь через год смог получить от египетских властей все необходимые разрешения, чтобы направиться в закрытые для европейцев районы юга Судана. Г од этот не прошел даром и был использован Юнкером для своего рода тренировочных маршрутов в Ливийской пустыне и по притоку Белого Нила Собату. Затем В. В. Юнкер смог углубиться в те районы к югу от Судана, к которым стремился по своим научным планам. Это путешествие длилось три года. Его результаты сыграли решающую роль в подготовке окончательного установления линии водораздела между бассейнами Нила и Конго.
В сентябре 1878 г. Юнкер вернулся на родину и в начале 1879 г. доложил на заседании Императорского Русского географического общества в Петербурге основные итоги путешествия. В том же году его доклад был опубликован в «Известиях» Общества. Тогда же статьи Юнкера о его путешествии публиковались в немецких и других зарубежных географических журналах. Богатейшая этнографическая коллекция, вывезенная Юнкером из Африки, была преподнесена им Российской академии наук. Эта коллекция и поныне хранится в
Музее антропологии и этнографии в здании Кунсткамеры в Санкт-Петербурге.
В октябре 1879 г. В. В. Юнкер вновь ступил на африканскую землю в Александрии, чтобы отправиться в свое второе центральноафриканское путешествие. Главной его целью он поставил теперь окончательное уточнение течения реки Уэле в еще никогда не посещавшихся европейцами районах. В качестве помощника Юнкер пригласил немецкого исследователя Фридриха Бондорфа. Тот совершил в предшествовавшие годы самостоятельное путешествие в этой части Африки, но на обратном пути его дочиста ограбили в Судане, а потеря всех записей свела научное значение трудного путешествия Бондорфа, по существу, к нулю.
В марте 1880 г. В. В. Юнкеру удалось наконец достичь совершенно не исследованной территории к югу от Судана, населенной народностью азанде. Оповещенный о передвижении белого человека, ее вождь Ндорума, никогда не видевший европейцев, сам вышел навстречу Юнкеру и принял его как гостя. Дружественные отношения, обычно складывавшиеся у русского путешественника с местным населением и в других местах, не раз отводили от В. В. Юнкера самые серьезные опасности.
Резиденция Ндорумы находилась в непосредственной близости от того водораздела великих африканских рек, определить точное местонахождение которого стремился В. В. Юнкер. Он сначала и не подозревал, как близко оказался к разгадке волновавшей его географической проблемы. У гостеприимного Ндорумы Юнкер основал постоянную опорную базу для своих будущих маршрутов. На карте эти маршруты образуют как бы запутанную сетку.