Конец 1881-го и первую половину 1882 г. путешественник провел в исключительно трудных для передвижения районах к югу от реки Уэле. В. В. Юнкер неоднократно переправлялся через нее, проводя топографическую съемку течения Уэле и ее притоков. Путь по тропическим заболоченным лесам, постоянные тяжелые переправы на подручных средствах, трудности, возникавшие из-за дезертирства носильщиков, — все это сильно ухудшило состояние здоровья Юнкера, подорванное еще в первом тропическом путешествии.
Юнкер был болен тяжелой формой тропической малярии, страдал от экземы и каких-то других кожных заболеваний. Именно в это время исключительно волевой человек Василий Васильевич Юнкер пишет в дневнике: «Больной организм потерял способность сопротивляться болезни, и уже это одно требовало возвращения домой». Но вернуться из дебрей Экваториальной Африки было не так легко, особенно потому, что область, которую надо было пересечь, чтобы добраться до Египта, оказалась надолго охваченной восстанием против египетских властей суданских племен под руководством Махди.
В. В. Юнкеру пришлось около двух лет безуспешно ожидать возможности вернуться в Европу тем путем, по которому он проник в Экваториальную Африку, т. е. через Египет. Убедившись, что военные события будут еще долго закрывать этот путь, В. В. Юнкер, потерявший всякую связь с внешним миром, в конце концов принял в начале 1886 г. решение возвращаться в Европу через Занзибар на восточном берегу Африки.
К этому времени В. В. Юнкера, о котором очень давно в Европе не было вестей, считали либо погибшим, либо затерявшимся в глубинах Африки, поэтому родилась идея начать его поиски. И тогда, подобно поискам пропавшей экспедиции Ливингстона, в 1885 г. на поиски русского путешественника его семьей и международной общественностью, связанной с исследованием Африки, была снаряжена целая экспедиция. Ее возглавил немецкий путешественник Г. А. Фишер, уже широко известный исследованиями именно Восточной Африки.
Правильно предположив, что из-за сложившейся в Судане военной обстановки Юнкер будет вынужден двигаться на юг через район озера Виктория, Фишер направился туда. Но он встретился с теми же трудностями, что и ранее сам Юнкер. Правитель королевства Буганда не пропустил экспедицию Фишера в Судан с юга по западному берегу озера, т. е. по более короткому и известному пути. Фишер попытался проникнуть туда по неизвестному европейцам восточному побережью озера. Но здесь из-за природных препятствий он тоже не смог продвинуться на север. Отказавшись от попыток найти следы экспедиции Юнкера, Фишер повернул на восток, добрался до океана и в 1886 г. вернулся в Европу. Но по пути Фишер провел топографическую съемку большой еще не изведанной территории. Таким образом, косвенно в связи с поисками В. В. Юнкера был сделан еще один вклад в исследование внутренних районов Восточной Африки.