Во втором эшелоне отдыха не было. Перед командиром дивизии снова встали организационные вопросы — привести в порядок понесшие потери части, укрепить боевой дух воинов. Черняховский занят целыми сутками. А тут некстати заливали дожди. Иван Данилович простудился — воспаление легких приковало его к постели. Почти на три недели прекратилась его кипучая деятельность.
Черняховский не хотел убывать из дивизии в госпиталь. Немецкая авиация бомбила наши войска, штабы, коммуникации. Попала под бомбежку и деревня Кунино, где располагался штаб 28-й танковой дивизии. Пришлось перебраться в ближайший лес.
Вечерами навестить больного комдива приходили комиссар Банквицер, новый начальник штаба майор Ахад Хантемиров, начальник политотдела Иван Нестерович Третьяков. Они рассказывали о том, что делается в войсках.
9 сентября 1941 года Черняховский написал семье свое третье письмо:
«Сегодня поднялся, могу сам ходить и решил черкнуть. Заболел воспалением легких. Сначала лечился в блиндаже, а затем перешел в домик. Главный врач у меня Комаров, он обеспечил все. Плохая вещь воспаление легких, отвратительная. Температура 40,2 градуса и протекает довольно мучительно. А самое неприятное то, что дивизия дерется, а я не могу сейчас руководить по-настоящему моими славными боевыми орлами. Проклятые фашисты всю жизнь будут помнить, на что способны советские танкисты. Думаю, через 4–5 дней буду опять впереди, смело вести в бой своих боевых друзей, хотя я и сейчас недалеко от них, но все это не то. Ну, хватит. Немного написал и очень устал. Стал совсем щуплым юношей, на лице скулы показались…»
Надежда на быстрое выздоровление не оправдалась. Болезнь осложнилась, пришлось Черняховского эвакуировать во фронтовой госпиталь.
Находясь в госпитале, Иван Данилович, несмотря на высокую температуру и плохое самочувствие, следил по газетам за обстановкой на фронтах. Дела всюду шли неважно. 10 сентября Информбюро сообщило:
«…Закончилось Смоленское сражение, длившееся более двух месяцев. По указанию Ставки войска Западного фронта прекратили наступление и перешли к обороне. К этому времени войска Северо-Западного, Западного, Резервного и Брянского фронтов, прикрывавшие центральное стратегическое направление, находились на линии западнее Осташков, Андреаполь, Жарковский, Ярцево, Ельня, р. Десна. Упорная оборона и сильные контрудары советских войск нанесли большой урон немецко-фашистской армии, похоронили намерения гитлеровцев прорваться через Смоленские ворота и молниеносно продвинуться к Москве. Враг вынужден был остановиться в 300 км от советской столицы, перейти к обороне и заняться перегруппировкой сил».