Это был изолированный и пустынный район, где, как говорил поэт, «финский рыболов, печальный пасынок природы, один у невских берегов бросал в неведомые воды свой ветхий невод». Но с развитием шведской крепости Ниеншанц в устье Охты (позднее напротив будет построен Смольный) на Неве стало разгружаться около сотни кораблей в год, а в окрестностях начали свою деятельность торговцы; появились отдельные хутора и маленькие деревеньки, жители которых использовали хорошие пастбища и обильную дичь. Ныне эти мызы и хутора поглощены городом.
После путешествия на Запад Петр Великий начал всерьез бороться за возвращение Невы из-под контроля шведов, чтобы сделать Россию балтийской, морской страной. Он потерпел сокрушительное поражение под Нарвой в 1700-м, но в 1702 году русская армия под командованием Шереметева взяла шведскую крепость Нотебург на Ладоге в устье Невы (эту крепость Петр переименовал в Шлиссельбург — «ключ-город») и весной следующего года взяла и сам Ниеншанц.
Петр получил возможность в первый раз самостоятельно вывести русский корабль в Балтику. Двумя месяцами позже он заложил первый камень города, который будет носить его имя. Поначалу не было и речи о перенесении сюда столицы — мощные шведские орудия следили за русской деятельностью на Неве на протяжении последующих шести лет. «Пусть царь изматывает себя строительством нового города, — сказал Карл XII, — мы позднее покроем себя славой, взяв этот город».
Финны дали названия островам, лежавшим в дельте посреди дюжины, если не больше, водных протоков. Здесь был и остров Кустарников, и остров Берез, и остров Козлов, и остров Буйволов, и Заячий остров, и Дикий остров. На самом маленьком из них — Янисаари, или Заячьем острове, — на милю ближе, чем Ниеншанц, к морю, на северном берегу Невы, Петр 16 мая 1703 года заложил первый камень в основание Петропавловской крепости. Петр вырезал два первых куска дерна штыком, взятым у одного солдата, и уложил эти куски крест-накрест, произнеся: «Здесь будет город!» Потом вырыли канаву, в которую Петр опустил ларец с мощами святого апостола Андрея и несколько золотых монет. Затем, когда из свежевырытой земли насыпали холм высотой в два ярда, Петр поставил на него сверху камень; этот камень получил благословение и был окроплен святой водой. Существует легенда, что во время проведения этой церемонии в небе над головой царя видели орла, после чего солнечный луч осветил две березы с переплетенными ветвями; их сочли похожими на триумфальную арку, а сам свет — указанием свыше, где следует сделать ворота в крепость.