За время его отсутствия А. Митчелл Пальмер — министр юстиции в правительстве Вильсона — предпринял серию налетов на помещения и места собраний коммунистов и социалистов. Пять тысяч человек было арестовано. Против Рида как лидера коммунистов было заочно возбуждено в Чикаго судебное дело. Рид немедленно попытался вернуться домой. При второй попытке прорваться через антисоветскую блокаду его арестовала финская полиция. Вашингтон отказался вмешаться, чтобы добиться его освобождения или помочь ему вернуться в Нью-Йорк. «Я попросил у здешнего американского консула паспорт для возвращения домой, — писал он жене из своей камеры в Або. — Он не ответил, так же как не отвечал затем и на все мои послания. Позже он сказал одному финскому чиновнику, что ни в коем случае не может дать мне паспорт». По-видимому, это был единственный способ, обеспечивавший возможность прессе распространять гнусную ложь о том, что Рид уклоняется от суда. Когда же финские власти, наконец, освободили его, у него не было другого выхода, как вернуться в Москву.
Одиннадцать недель одиночного заключения подорвали его здоровье. Еще не совсем оправившись, он принял участие в подготовке Второго конгресса Коммунистического Интернационала. Конгресс открылся в июле 1920 года. Рид был избран членом Исполнительного Комитета Интернационала. В лихорадочные дни заседаний конгресса он был явно нездоров, хотя казался неутомимым. Присущие ему жизнерадостность, живость и юмор скрывали тот факт, что в действительности он был изнурен и совершенно болен. Он не мог отказать в просьбе, обращенной к нему и к другим, присутствовать на съезде народностей Востока в Баку.
Когда он вернулся в Москву, там его уже ожидала жена, только что прибывшая в Россию. Они провели несколько дней вместе, навещали Ленина и других советских руководителей, бродили по картинным галереям, смотрели балет. Он говорил о своем намерении писать новую книгу, о возвращении домой и явке на суд, о своей будущей работе в американском коммунистическом движении. А затем пришла болезнь. Сначала казалось, что это была лишь инфлюэнца, но позднее диагноз показал, что у него тиф. Доктора ухаживали за ним, пытались спасти его, но все их искусство оказалось на этот раз бессильным. В блокированной стране не было лекарств. В воскресенье 17 октября 1920 года, за пять дней до своего тридцатитрехлетия, Джон Рид умер.
Тело его под охраной почетного караула из красноармейцев в течение недели лежало в гробу в Колонном зале Дома Союзов. Тысячи русских приходили отдать дань американцу, который с таким глубоким пониманием и сочувствием относился к их борьбе. В ряде городов на его родине, несмотря на царившие там гнет и террор, искренне оплакивали молодого руководителя американского рабочего движения, который так доблестно сражался за усыновивший его класс. Даже газеты, изливавшие на живого Рида потоки яда, теперь восхваляли его. Лев умер, и шакалы могли теперь выразить воем свое облегчение.