Министерство иностранных дел России предписало консулу Гошкевичу разъяснить правительству бакуфу, что военно-морская стоянка на Цусиме была основана Лихачевым и Бирилевым без санкции русского правительства. Японское правительство выразило удовлетворение этим объяснением, и на этом инцидент был исчерпан.
Впоследствии адмирал Лихачев писал: «Одного только мы, может быть, достигли: не дали Англии захватить этот остров». Намерения англичан подтвердили результаты беседы A.M. Горчакова с британским послом лордом Нэпиром, который в ответ на просьбу русского министра иностранных дел дать обещание, что Англия «никогда не завладеет Цусимою», уклонился от ответа.
Поэтому нашим кораблям приходилось часто заходить в порты Японии — в Иокогаму и особенно в Нагасаки. Так, 10 января 1865 г. в Нагасаки зашел корвет «Варяг», где его ждал корвет «Богатырь». Кстати, на борту «Варяга» находился кадет Николаевского штурманского училища Степан Макаров, будущий знаменитый адмирал. Лишь 13 апреля 1865 г. «Варяг» покинул гостеприимный Нагасаки.
19 апреля 1866 г. «Варяг» пришел в Иокогаму, где отремонтировал винтовую раму. На время ремонта с него сняли три орудия и временно оставили их на берегу, чтобы позднее вернуться и забрать их. Но этого не случилось, и пушки до сих пор, почти 150 лет, находятся в Иокогаме. Теперь они установлены на пьедесталы в порту.
26 апреля 1865 г., приняв 59,5 тонн угля, «Варяг» ушел в Хакодате. 10 мая он пришел в залив Посьета, а оттуда — во Владивосток.
5 сентября «Варяг» и «Богатырь» пришли в Нагасаки, где пробыли до 30 сентября и пошли в Гонконг.
«Богатырь» 12 октября 1865 г. ушел на Балтику, а «Варяг» 18 февраля 1866 г. вновь зашел в Нагасаки. С перерывом «Варяг» находился в Нагасаки до 5 ноября 1866 г., а затем отправился в Кронштадт.
Как видим, Нагасаки становится неофициальной базой русских военных кораблей. В конце 1871 г. русское Морское ведомство связывает Нагасаки подводным телеграфным кабелем с портом Владивосток.
А между тем корвет «Боярин» в 1870 г. прошел тимберовку в мастерских Кронштадтского порта, а затем вернулся на Дальний Восток. В ноябре 1873 г. «Богатырь» провел ремонт котлов в Нагасаки. А в декабре того же года на ремонт в Нагасаки прибыл военный транспорт «Японец».
25 апреля (7 мая) 1875 г. министры иностранных дел России и Японии Александр Горчаков и Эномото Таксаки подписали в Петербурге договор о передаче России спорной с Японией территории Южного Сахалина, а Россия отдавала Японии Курильские острова.
Почему же в 1875 г. Россия, обладая в ту пору огромным превосходством на море (Япония практически не имела военного флота), согласилась отдать японцам все Курильские острова? Основных причин было две. Во-первых, Россия готовилась к войне с Турцией и не исключала при этом конфликта с Англией. Соответственно, Россия хотела обезопасить свои дальневосточные рубежи. Во-вторых, промышленная эксплуатация Курильских островов, по мнению царских чиновников, не сулила больших выгод. Русских рыбаков там было очень мало. Для земледелия острова вообще были непригодны. Военного значения Курильская гряда протяженностью в 1200 верст, по мнению Морского ведомства, практически не имела.