На самом же деле целью экспедиций Миклухо-Маклая было создание русской военно-морской базы на побережье Новой Гвинеи. Еще в сентябре 1871 г. командир корвета «Витязь» назвал бухту на берегу Маклая «Порт Великий Князь Константин» в честь тогдашнего генерал-адмирала. А в 1872 г. Миклухо-Маклай открыл удобную бухту «Порт Великий Князь Алексей». Эта бухта располагалась всего в 26 милях к северу от бухты Константина. Николай Николаевич назвал ее в честь великого князя Алексея Александровича Романова (1850—1908) — сына императора Александра II, который также содействовал его путешествию.
В марте 1883 г. в Порт Великий Князь Алексей прибыл корвет «Скобелев», на борту которого находились контр-адмирал Н.В. Копытов и сам Миклухо-Маклай. Замечу, что Копытов был одним из энтузиастов крейсерской войны в русском флоте и во время кризиса 1863 г. он командовал фрегатом «Пересвет» в составе эскадры Лесовского.
Бухта Порт Великий князь Алексей находилась среди островов архипелага Довольных Людей, и, чтобы туда добраться, пришлось спустить паровой барказ, на котором мичман Сарычев обнаружил широкий пролив, ведущий внутрь этой обширной акватории. Войдя в нее, моряки обнаружили прекрасный рейд, отлично защищенный от ветров и волнения.
Никакое европейское судно еще не посещало этих островов, и потому на другой день с рассветом экипаж судна приступил к их съемке и промеру рейда. Дальнейшее ознакомление с местностью только увеличивало достоинства порта Великий князь Алексей.
Были найдены в нескольких местах отличные якорные стоянки, а также открыт второй обширный рейд, расположенный ближе к берегу острова Новая Гвинея.
В северной части бухты моряки открыли большую реку, которую назвали в честь Миклухо-Маклая.
Съемка и промер акватории бухты проводились одновременно с пяти шлюпок.
Вот что писал Копытов в своем рапорте в Петербург: «Энергическое производство работ, начавшихся с рассветом, при температуре 24 °R [30 °С], с полною неутомимостью, не зная устали, так что мне приходилось сдерживать рвение офицеров, занимавшихся съемкой и промером, рекомендовали их служебные достоинства с наилучшей стороны, и только благодаря их чрезвычайному рвению и неутомимости работа была исполнена в два дня.
Съемка и промер бухты Порт-Алексей показали, что она представляет по своим гидрографическим условиям не только хорошую угольную станцию, но и прекрасный опорный порт для крейсеров».
Но русский флаг в Порту Алексей так и не был поднят.
Вот что писал по этому поводу мичман К.А. Плансон: «Как теперь выяснилось, целью нашего прихода на Новую Гвинею было присоединение части ее к владениям России. Предложение это исходило от Миклухо-Маклая, и правительство наше, по-видимому, соглашалось иметь опорный пункт для флота в этой части Тихого океана, но окончательное решение этого вопроса было предоставлено адмиралу Копытову».