В 1920 году о. Сергий был вызван патриархом Тихоном и назначен в церковь св. мучеников Кира и Иоанна на Солянке.
В1922 году он принял монашество с именем Серафим, а в конце 1926 года был возведён в сан архимандрита. Говорят, что его готовили к архиерейскому служению.
Вскоре о. Серафим был арестован по обвинению в укрытии церковных ценностей. То было время, когда множество духовных лиц и мирян пострадало, защищая свои святыни. Но впоследствии дело против о. Серафима было прекращено: выяснилось, что ценности увезли сербы (их подворье находилось в церкви Кира и Иоанна).
Декларация митр. Сергия вызвала у архимандрита отрицательную реакцию. В июле 1928 года он удалился из храма и перешёл на нелегальное положение. По этому пути пошёл и другой священник «солянской» церкви иером. Иеракс (в миру Иван Матвеевич Бочаров), который служил там с 1929 по 1932 годы. С этого времени все духовные лица, отказавшиеся принять линию митр. Сергия, были арестованы (если не успели скрыться), а храмы их были закрыты.
О. Серафим только чудом избежал ареста. Некоторое время он тайно жил в разных местах и в конце концов поселился в Сергиевом Посаде (переименованном в Загорск) у двух сестёр, монахинь из Дивеева[11].
Там, в маленькой комнате, перед иконой Иверской Божией Матери, был поставлен алтарь и служилась литургия. Здесь бывали и совершали богослужение многие духовные лица. В перерывах между арестами бывал и еп. Афанасий, в юрисдикции которого находился о. Серафим. Сюда, в неприметный дом на окраине города, стекались отовсюду многочисленные духовные дети архимандрита за советом и утешением. Приходится лишь удивляться, как в обстановке доносов и непрерывных арестов этот церковный очаг сохранялся столь долго — до 1943 года.
В своей пастырской деятельности о. Серафим, как и отцы Мечевы, руководствовался советами оптинского старца Нектария, который в то время уже уехал из разорённой Пустыни[12]. Кроме того, его наставником был старец Зосима (в схиме Захария), приехавший в Москву из закрытой Троице–Сергиевой Лавры.
О. Серафим был подлинным продолжателем традиций старчества. Его подход к людям был всегда глубоко индивидуальным. С каждым человеком он беседовал отдельно, и его советы относились только данному человеку (он нередко даже запрещал передавать их другим). Главное своё призвание он видел в том, чтобы быть пастырем, кормчим душ и «оберегать чистоту Православия».
Среди единомышленников о. Серафима выдающейся фигурой был уже упоминавшийся о. Пётр Шипков (1881 — 1959). Он был рукоположён в 1921 году и примерно в то же время, что и о. Серафим, ушёл в «катакомбы». О. Пётр работал бухгалтером в Загорске и совершал богослужения в частных домах. Это был человек неиссякаемой жизнерадостности и какого‑то духовного света, и впоследствии годы тяжких испытаний (он пробыл в узах в общей сложности около 30 лет) не наложили на него печати горечи и ожесточения. Ему суждено было надолго пережить о. Серафима, умершего в 1942 году, и после ссылки окончить свои дни настоятелем собора в Боровске.