На протяжении долгих лет среди учёных не умолкают споры о том, кем был по вероисповеданию Франциск Скарына из Полоцка, католиком или православным, хотя аргументация той и другой стороны базируется только на косвенных доводах. Сам Скарына нигде в своих произведениях не пользовался словами "католический" или "православный", он всегда говорил о христианстве. А все источники XVI века, в которых говорится про Скарыну, свидетельствуют о широкой реформаторской деятельности беларуского первопечатника, недаром Селява называет его "еретиком гуситом". Когда в миссионерском запале Скарына повёз свои Библии в Москву, все книги по распоряжению московского царя были сожжены, потому что православные богословы заявили о влиянии идей Лютера на издания Скарыны. Через несколько десятков лет князь Андрей Курбский, бежавший от Ивана Грозного в Великое Княжество, резко критиковал в своём письме к Григорию Ходкевичу, великому гетману литовскому, перевод Скарыны, обвиняя полочанина в "преступной связи" с Реформацией, в искажении православной веры и еретическом мышлении. Он утверждал, что Библия Скарыны "растленна", противоречит "всем апостольским и святым уставам" и во всём согласна с Библией Мартина Лютера.
В 1530 году великий князь литовский Жигимонт Старый провозгласил в Вильне первый декрет против "лютеран и анабаптистов", в котором запретил проповедь антикатолических взглядов не только публично, но и в частных разговорах, а также распространение книг подобного содержания. Этот документ не называет никаких фамилий, но после оглашения декрета Франциск Скарына выехал из Вильни в Кенигсберг к Альбрехту Гогенцоллерну, который уже провозгласил лютеранство вероисповеданием своего государства. Через несколько месяцев мы снова видим Скарыну в Вильне, но с письмами от прусского герцога к виленскому воеводе и виленскому магистрату, в которых герцог Альбрехт просит не притеснять доктора Франциска из Полоцка. Все эти факты ясно свидетельствуют, что одним из тех "лютеран и анабаптистов", против которых был направлен великокняжеский декрет, был и беларуский первопечатник Франциск Скарына.
Вся деятельность Скорины - это прежде всего реформаторская деятельность, направленная на возобновление личных отношений человека с Богом. Все предисловия первопечатника пронизаны идеями Реформации, горячим желанием вернуть христиан к первоисточнику - Библии. И поэтому абсолютно справедливо мы можем назвать Франциска Скарыну одним их первых деятелей Реформации в Великом Княжестве Литовском, начинателем беларуской Реформации.