Шаг за шагом исследуя Библию, он открыл, что церковь совершенно исказила Евангелие. Вместо Божьей любви проповедовались человеческие заслуги, вместо веры - суеверия и религиозные обряды, вместо Слова Божьего - легенды и традиции. Больше всего виттенбергского профессора возмущало учение об индульгенциях, о том, что монахи и священники за определённую плату могут вымолить прощение грехов. Заплатив деньги, которые шли на строительство базилики святого Петра в Риме, человек получал заверенную папской печатью грамоту, гарантировавшую прощение грехов живому или мёртвому. Согласиться с этим Мартин Лютер никак не мог, и поэтому на воротах замкового костёла в Виттенберге появились 95 тезисов против индульгенций. Несколько папских теологов приняло вызов Лютера к дискуссии, но они ничего не смогли противопоставить его тезисам, а только обвинили брата Мартина в том, что он повторяет учение Яна Гуса, осуждённое католической церковью на соборе в Констанце. На это Лютер ответил, что даже один человек, опираясь на Священное Писание, может выступать и против папы, и против собора. Когда спустя некоторое время гуситы из Чехии прислали Мартину Лютеру труды Яна Гуса, он, прочитав их, пришёл к выводу, что многие идеи пражского реформатора похожи на его собственные. Именно тогда он объявил своим последователям: "Все мы - гуситы, не зная об этом".
Папа римский прислал Лютеру грозное повеление отречься от своих взглядов. Реформатор ответил на это "Обращением к христианскому дворянству немецкой нации", которое было издано неслыханным в те времена четырёхтысячным тиражом и разошлось так быстро, что уже через месяц готовилось новое издание. В этом обращении, написанном по-немецки, Лютер утверждал, что нет смысла говорить о том, что священники - это какие-то особенные люди, так как согласно Библии, все верующие принадлежат к священству, и напоминал, что истинная Реформация начинается в сердце человека. События набирали разгон.
15 июня 1520 года папа римский Лев X подписал буллу (послание), в которой предоставлял Мартину Лютеру 60 дней, чтобы отказаться от своих слов, и приказывал сжечь все его работы. Однако огласить это послание папские легаты (посланники) смогли лишь в некоторых городах. В Майнце, Лейпциге, Кёльне об этом не могло быть и речи, потому что они едва унесли ноги от возмущённой толпы. А 20 декабря 1520 года у ворот Виттенберга Лютер, окружённый взволнованными студентами, преподавателями и горожанами, бросает в огонь папское послание. Весной 1521 года Мартин Лютер по приказанию императора явился на Вормсский сойм (собрание немецких князей и представителей городов). От него снова потребовали отречения от своих тезисов. Тогда Лютер, напомнив, что папа и собор не однажды ошибались, объявил, что если его не переубедят на основании Библии, он не откажется от своих взглядов: "На этом я стою, я не могу иначе. Да поможет мне Бог". Император никак не смог возразить реформатору, однако приговорил его к изгнанию. Тогда саксонский курфюрст Фридрих Мудрый, который поддерживал Лютера, спрятал его в замке Вартбург. Там Мартин Лютер начал работу над переводом Библии на немецкий язык. В сентябре 1522 года появился в продаже переведённый им Новый Завет. Несмотря на большой тираж и высокую цену в полтора дуката, все экземпляры были раскуплены за два месяца, и чтобы хоть как-то удовлетворить спрос, в течение двух лет вышло 70 издании этого перевода. В 1534 году появилась полная Библия на немецком языке. Её популярность была так огромна, что даже католические типографии издавали этот перевод. До сегодняшнего дня Библия в переводе Мартина Лютера является самым популярным немецким переводом Священного Писания. Более того, этот перевод, являясь самым большим прозаическим произведением на немецком языке, создал и нормировал современный немецкий язык.