Вполне естественно, что возникли споры о том, кому принадлежит приоритет в развитии воздухоплавания: братьям Райт или Сантос-Дюмону? Эти споры явились результатом их различного подхода к демонстрации и опубликованию результатов своих опытов. Сантос-Дюмон совершал свои полёты публично, часто приглашал на них учёных и инженеров. Братья Райт, напротив, были обеспокоены защитой своих секретов, они считали свои разработки коммерческой тайной и патентовали их, поэтому совершали свои первые полёты в отдалённых местах, без присутствия свидетелей.
Братья Райт и Сантос-Дюмон имели кардинально различные взгляды на военное использование самолётов. Братья Райт создавали свой аппарат изначально для военного использования в армии США (предполагалось, что для разведки), Сантос-Дюмон в поздние годы жизни был активным противником военного применения авиации.
Последний полёт Сантос-Дюмон в качестве пилота совершил на «Демуазель» 4 января 1910 г. Полёт завершился авиакатастрофой, однако её причины так никогда и не были установлены.
Сантос-Дюмон серьёзно заболел несколько месяцев спустя. Ему был поставлен диагноз «рассеянный склероз». В 1911 г. он переехал из Парижа в деревню Бенервиль, где стал заниматься астрономией. Местные жители, не знавшие о его известности и достижениях, обратили внимание на телескоп немецкого производства и необычный акцент, приняли его за немецкого шпиона, отслеживающего перемещения французского военного флота. Сантос-Дюмона арестовали. Получив сильный стресс, усугублённый его болезнью, он сжёг все свои бумаги, чертежи и заметки. В результате немногие из технических документов Сантос-Дюмона сохранились до сегодняшнего дня.
В 1928 г. Сантос-Дюмон вернулся в Бразилию. Он приобрёл маленький участок на холме в городе Петрополис, около Рио-де-Жанейро, построил небольшой дом, который со временем заполнился различными механизмами, написал несколько книг.
Альберто Сантос-Дюмон совершил самоубийство, повесившись 23 июля 1932 г. Похоронен он на кладбище Сан-Джоао-Батиста в Рио-де-Жанейро.
Сантос-Дюмону установлены памятники в 18 странах мира; его именем назван кратер на Луне, аэропорт в Рио-де-Жанейро, улицы, проспекты, площади, школы. 26 университетов Франции и Бразилии объединены в сеть его имени, в честь авиатора назван город Сантус-Думонт. Медаль Сантос-Дюмона вручается командованием ВВС Бразилии за достижения в авиации. Самолёт президента Бразилии называется «Альберто Сантос-Дюмон».