На одной из автогонок Фарман попал в аварию и получил серьёзные травмы, после чего перестал заниматься автоспортом. Ещё в юности он заинтересовался воздухоплаванием. Следил за полётами Отто Лилиенталя в Германии, за экспериментами с аэропланами Габриэля Вуазена в 1905–1906 гг. Когда Вуазен в 1907 г. начал продавать аэропланы, Анри Фарман и его братья Морис и Ричард стали одними из первых его покупателей. Свой первый полёт Фарман совершил 30 сентября 1907 г. Дальность этого полёта была всего лишь 30 м.
Фарман установил множество рекордов в дальности и продолжительности полёта: первый полёт на километр; первый полёт с пассажиром; первый полёт через границу страны.
Фарман заказал Вуазену ещё один аэроплан, но тот продал готовый аэроплан другому покупателю. Не на шутку разгневанный Фарман в 1908 г. создал собственную компанию «Авиамастерские Фармана». Первый аэроплан новая компания произвела в 1909 г. Основал Фарман и собственную авиационную школу — «Шалон-на-Марне», работавшую, как и большинство остальных, в рамках Французского аэроклуба.
27 августа 1909 г. Анри Фарман установил мировой рекорд, пролетев 180 км за 3 часа. 3 ноября 1909 г. — 232 км за 4 часа 17 минут 53 секунды. 28 августа 1909 г. он впервые в истории перевёз на 10 км двух пассажиров.
Наиболее известны аэропланы Фармана были в России. Первый дипломированный русский лётчик М.Н. Ефимов обучался в школе Фармана. Именно на «Фармане» Ефимов совершил свои первые полёты в России. Также на «Фармане» летал и С.И. Уточкин, которому, по некоторым данным, аэроплан был подарен самим конструктором. На «Фармане» совершила свои первые полёты и русская авиатрисса Л.В. Зверева. Она же открыла в Риге авиамастерские, перебазировавшиеся потом в Санкт-Петербург. Эти авиамастерские к 1916 г. выпустили около 80 «Фарманов» и «Моранов».
Во время Первой мировой «Авиамастерские Фармана» производили популярные бипланы, которые широко использовались в авиаразведке.
8 февраля 1919 г. самолёт Фармана «Голиаф» первым начал регулярные пассажирские перевозки по маршруту Париж—Лондон. Пассажирских аэропланов было построено около 60. Ещё было построено более 300 штук бомбардировщиков этого типа, поставлявшихся в разные страны мира.
В 1919 г. за разработку аэроплана «Голиаф» и вклад в развитие мировой авиации Анри Фарман был удостоен ордена Почётного легиона.
Фирма «Авиамастерские Фармана» в 1936 г. была национализирована, а её хозяева Анри, Морис и Ричард Фарманы вышли на пенсию, получив при национализации хорошие деньги.
В 1941 г. братья создали новую компанию, но через три года она была поглощена более крупной корпорацией. В 1952 г. сын Мориса Фармана Марсель активно попытался возродить дело, но этого достичь не удалось, и он обанкротился в 1956 г.