В конце войны Рудель также летал на истребителе ФВ-190. Сбил 9 самолётов противника.
Сам Рудель за время Второй мировой войны был сбит 32 раза, несколько раз был тяжело ранен. По его собственным словам, ни разу не был сбит истребителем — только зенитным огнём. Последний раз попаданием 40-мм зенитного снаряда ему повредило ногу, однако менее чем через месяц он продолжал летать даже после ампутации ноги ниже колена. После завершения войны был задержан американцами. Они не выдали его СССР.
После войны ас вынужден был работать транспортным подрядчиком в Вестфалии. Позднее, лишившись работы и каких-либо перспектив, с ярлыком «ярого милитариста и фашиста», он перебрался в Рим, а в июле 1948 г. — в Аргентину, где вместе с рядом других известных ветеранов люфтваффе, в прошлом генералами Вернером Баумбахом и Адольфом Галландом, пилотами-испытателями Беренсом и Штейнкампфом, главным конструктором фирмы «Фокке-Вульф» Куртом Танком помогал создавать аргентинскую военную авиацию, работал консультантом в авиастроительной промышленности.
Обосновавшись в окрестностях аргентинского города Кордова, где находился тогда большой авиазавод, Рудель продолжал активно заниматься любимыми видами спорта — плаванием, теннисом, метанием копья и диска, катанием на горных лыжах и скалолазанием в горах Сьерра-Гранде. В свободное время он работал над своими мемуарами, впервые опубликованными в Буэнос-Айресе в 1949 г. Несмотря на протез, Рудель принял участие в южноамериканском чемпионате по горнолыжному спорту в Сан-Карлос-де-Барилоче и даже занял там четвёртое место.
В 1951 г. Рудель совершил восхождение на Аконкагуа в аргентинских Андах, самый высокий пик в Западном полушарии, и почти достиг вершины (более 7000 м), когда непогода вынудила его повернуть назад.
Находясь в Южной Америке, Рудель познакомился и близко подружился с президентом Аргентины Хуаном Пероном и президентом Парагвая Альфредо Стресснером. Он активно вёл нацистскую пропаганду среди иммигрантов немецкого происхождения. До самой смерти Ганс-Ульрих Рудель отличался крайне правыми взглядами, приводя своими высказываниями официальный Бонн в смущение. Рудель также сделал попытку баллотироваться в бундестаг от ультраконсервативной немецкой рейхспартии, но потерпел поражение на выборах. Принимал активное участие в ежегодных собраниях ветеранов эскадрильи «Иммельман», в 1965 г. открывал мемориал погибшим лётчикам SG2 в Бурге-Штауфенбурге.
Ганс-Ульрих Рудель скончался 18 декабря 1982 г. от кровоизлияния в мозг в госпитале города Розенхайм в ФРГ.