4 ноября 1944 г. Шнауфера назначили командиром 4-й ночной истребительной эскадры. В двадцать два года он стал самым молодым в люфтваффе командиром истребительной эскадры. До конца года счёт побед равнялся 106.
Крупнейший успех к нему как к лётчику-истребителю пришёл 21 февраля 1945 г., когда ему были засчитаны 9 тяжёлых английских бомбардировщиков — 30-тонных «Ланкастеров». Два из них были сбиты в ранние утренние часы, а ещё семь — поздним вечером.
В ночь на 7 марта 1945 г. майор Шнауфер заявил о трёх своих последних победах над неопознанными четырёхмоторными бомбардировщиками.
В мае 1945 г. майор Шнауфер был взят в плен наступавшими британцами.
Имя Шнауфера было хорошо известно в Британии, и его пребывание в плену не было злоключением: скорее это была длительная и насыщенная, не лишённая удовольствий туристическая поездка в Великобританию.
Хайнц-Вольфганг Шнауфер был результативнейшим ночным асом Второй мировой войны. Ему засчитана 121 победа, одержанная в 164 боевых вылетах. Среди его побед — 114 английских четырёхмоторных бомбардировщиков. Никто из асов люфтваффе не нанёс Королевским воздушным силам Великобритании больших потерь, чем этот лётчик, а в общем зачёте войны с западными союзниками он стал третьим немецким асом. Это распространённое мнение автор считает очевидной несообразностью по своей сути, имеющей корни в надуманной и политизированной, принципиально различной на Западном и Восточном фронте системе зачёта побед в люфтваффе.
Шнауфер после того, как его освободили англичане, вернулся к своему старинному фамильному делу — винопроизводству и виноторговле.
Хайнц-Вольфганг Шнауфер попал на автомобиле в страшную аварию и умер во французском госпитале 15 июля 1950 г.
Его боевой истребитель Ме-110 Г-4 был доставлен в Лондон, где некоторое время экспонировался в Гайд-парке.