В те годы в ВЛПШ обучалась группа турецких планеристов, среди которых находилась и приёмная дочь президента Турции Ататюрка — Сабиха Гет Чен. Турки освоили парение на планёре, прыжки с парашютом. Затем Ататюрк обратился к правительству СССР с просьбой направить в Турцию инструкторов ВЛПШ для организации общества «Турецкая птица» (аналог нашего Осоавиахима) и обучения турок планеризму и парашютным прыжкам. Для этого в Турцию были командированы инструкторы ВЛПШ С.Н. Анохин и М.Ф. Романов. В Турции Анохин проработал почти пять лет.
После возвращения в СССР Анохин работал в Центральном аэроклубе в Тушине: сначала командиром планёрного звена, потом — командиром планёрного отряда. В 1940 г. у С.Н. Анохина при выполнении пилотажа на планёре отвалился элерон, но лётчик сумел совершить посадку. В ноябре 1941 г. С.Н. Анохину было присвоено звание «Мастер парашютного спорта СССР».
С декабря 1941 г. старший лейтенант С.Н. Анохин — в армии. Он назначен командиром отряда испытательной эскадрильи ВДВ и проводит испытания десантной техники на полигоне на Медвежьих Озёрах. В одном из полётов на планёре в 1942 г. в воздухе сорвалась обшивка с центроплана и разрушилась проводка управления элеронами. Анохин сумел мастерски выполнить посадку. Зимой 1942 г. у самолёта-буксировщика СБ, пилотируемого Анохиным, оторвалась лыжа. И вновь лётчик сумел благополучно посадить самолёт.
В августе–сентябре 1942 г. Анохин проводит испытания тяжёлого планёра А-40, предназначенного для десантирования лёгкого танка Т-60.
Параллельно с испытательной работой Анохин участвует в боевых действиях в должности командира лётного отряда 19-й гвардейской воздушно-десантной бригады на Калининском фронте. В течение 1942–1943 гг. он совершил несколько боевых вылетов в тыл врага к партизанам на планёрах, доставляя им боеприпасы, медикаменты, продукты.
В апреле 1943 г. С.Н. Анохиным и лётчиком Ю. Желютовым был выполнен единственный за время Великой Отечественной войны взлёт планёра с партизанского аэродрома. Обычно планёры после выполнения перелёта к партизанам уничтожались, а пилоты возвращались на самолётах. Но в тот раз это правило было нарушено. Несмотря на ограниченные размеры партизанского аэродрома и загрузку планёра (на нём находились раненые партизаны, которых было необходимо срочно доставить в госпиталь), Анохин мастерски произвёл взлёт на буксире за самолётом СБ.
В сентябре 1943 г. С.Н. Анохин переходит в ЛИИ на постоянную работу.
17 мая 1945 г. при выполнении С.Н. Анохиным контрольных испытаний истребителя Як-3 на прочность у самолёта отломилось крыло, и машина перешла в ускоряющееся вращение вокруг продольной оси. Анохин сумел выпрыгнуть с парашютом из вращающегося самолёта, получил тяжёлые травмы и потерял левый глаз.