Исполнив пожелание Лоренцо, Иннокентий VIII вдруг проявил твердость и настоял на том, чтобы мальчик подождал три года, посвятив время изучению теологии и канонического права. К тому моменту кандидат был образованнее большинства, так как Лоренцо позаботился о том, чтобы сын учился у выдающихся преподавателей и ученых. В 1492 году шестнадцатилетний Джованни занял свое место в качестве кардинала, и отец написал ему серьезное и значительное письмо, в котором предупредил сына о вредном влиянии Рима, «погрязшего во грехе». Лоренцо наставлял сына «действовать так, чтобы убедить всех тех, кто видит тебя, что здоровье и честь церкви и Святейшего престола значат для тебя больше всего на свете». После этого уникального совета Лоренцо подчеркивает: сыну надо использовать все возможности и «стать полезным нашему городу и нашей семье». В то же время он должен проявлять осторожность и не поддаваться соблазнам коллегии кардиналов, поскольку те могут склонять его к неправедным поступкам, «ибо, к сожалению, на этот момент достойных людей в коллегии мало… Если бы кардиналы были такими, какими они быть обязаны, то весь мир был бы лучше, тогда бы они всегда избирали хорошего папу, и в христианстве царил бы мир и согласие».
В словах выдающегося представителя итальянского Ренессанса выражена суть проблемы. Если бы кардиналы были достойными людьми, они бы избирали достойных пап, однако они были частью системы. В эти шестьдесят лет папы были кардиналами, избранными из членов Священной коллегии, и кардиналов они назначали из собственных рядов. Безумие, выразившееся в недальновидной борьбе и равнодушии церкви к ее реальным потребностям, приобрело повальный характер и, словно лесной пожар, перекинулось от ренессансной шестерки к следующим папам.
Если Иннокентий VIII был неэффективным папой, то отчасти виной тому раздор между итальянскими городами, впрочем, и в других странах ситуация была не лучше. Неаполь, Флоренция и Милан, вступая то в один союз, то в другой, воевали друг с другом, либо с соседями помельче. Генуя «всегда готова устроить мировой пожар», жаловался папа, сам генуэзец. Все города боялись экспансии Венеции. Для Орсини и Колонна Рим служил постоянным полем сражений; более мелкие государства часто продолжали внутренние семейные конфликты, унаследованные ими от прошлого. Всходя на трон Святого Петра, Иннокентий VIII искренно хотел установить мир, однако для этого ему не хватало решительности. Болезни подтачивали его организм и лишали сил.
Самым худшим испытанием стала череда яростных стычек, время от времени выливавшихся в военные действия, инициатором которых выступал король Неаполя. Мотивы его агрессии неясны, возможно, дело было в природной злобности. Начал он с оскорбительного требования о передаче ему ряда территорий, отказался платить подати за Неаполь в качестве папского феода. При содействии Орсини король устроил беспорядки в Риме и грозился прибегнуть к ужасному оружию — собору. Когда бароны Неаполя выступили против его тирании, папа принял их сторону. Тогда армия Ферранте пошла на Рим и осадила город, а Иннокентий VIII отчаянно искал союзников и войска. Венеция держала нейтралитет, однако позволила папе нанять у себя наемников. Милан и Флоренция отказали в помощи по своим причинам — возможно, из желания ослабить Папскую область — и поддержали Неаполь. Это случилось до того, как флорентийский правитель Лоренцо Медичи завязал семейные отношения с Иннокентием VIII, что, впрочем, не решало проблему. В Италии можно в один день быть партнерами, а на следующий день превратиться во врагов.