Ранней весной 1947 года Берия был в командировке в Сибири и вопрос о снятии Хрущева с должностей застал его там. Хрущев был избран первым секретарем ЦК ВКП(б) Украины еще в 1938 году и с тех пор бессменно избирался на эту должность, а с 1944 года он был еще и председателем правительства Украины, то есть, имел на Украине высшую и государственную, и партийную власть. И вот теперь его снимали.
В 1946 году страшнейшая засуха обрушилась на Европу, сильно пострадали все страны (СССР пришлось тогда помогать зерном дружественным Чехословакии, Венгрии и Румынии), очень сильно это бедствие ударило и по Украине. Хрущев же, стремясь выполнить как можно больше уже невыполнимый план по продаже колхозами зерна государству, заставил колхозы продать почти все зерно, кроме посевных запасов. В результате уже весной 1947 года в сельских районах Украины начался голод. Сведения о голоде повлекли сначала выезд на Украину комиссии ЦК, а затем и рекомендации секретариата ЦК ВКП(б) освободить Хрущева от занимаемых должностей.
Берия понимал гнев Сталина – Хрущев опять «во благо всего человечества» не думал о тех людях, которые ему были вверены. Но в Красноярском крайкоме он прочел справку комиссии ЦК, подготовленную под руководством секретаря ЦК Кузнецова, и эта справка сильно ему не понравилась своим явно обвинительным уклоном: все огромные заслуги Хрущева затушевывались, а все недостатки выпячивались. Хрущев заслуживал наказания, но он заслуживал и справедливости.
Когда член Политбюро, секретарь ЦК и одновременно первый секретарь Ленинградского обкома и горкома A.A. Жданов переехал в Москву и фактически возглавил партию, дав возможность Сталину больше сосредотачиваться на государственных делах, вслед за ним в Москву на руководящие должности перебралось довольно много «ленинградцев», которые держались вместе и особнячком. Особенно заметно это стало после того, как в начале 1946 года в Москву секретарем ЦК перебрался, бывший при Жданове в Ленинграде вторым секретарем, А.А.Кузнецов, который в ЦК курировал кадры партии и силовые министерства страны, определяя кадровый состав этих министерств. Не малую силу у «ленинградцев» составлял и Вознесенский, тоже выходец из Ленинграда, возглавлявший Госплан СССР. Берия все время ощущал на себе какую-то враждебность этой группировки, кроме этого, ему казалось, что Кузнецов, контролируя, как секретарь ЦК, кадры партии, добивается от них не преданности делу коммунизма, а преданности этой «ленинградской группировке». За счет этого группировка набирала реальную силу без гарантии, что эта сила используется во благо государства. Все это Берии не нравилось, но у него не было фактов как-то выступить против такого местничества.