22 июня (в 03.15) — нарком ВМФ получил первое телефонное сообщение от командующего ЧФ Октябрьского Ф.С. о том, что на Севастополь совершен налет.
После звонка из Севастополя — пытался по телефону доложить обстановку И.В. Сталину, которого не нашел. Разговаривал с Маленковым Г.М. Последний перепроверил сведения Кузнецова, звонил в Севастополь.
22 июня (до 05.17) — под свою ответственность нарком ВМФ приказал передать флотам официальное извещение, что Германия начала нападение на наши базы и порты, которое следует отражать силой оружия.
22 июня в первые часы начала войны — приказал через ГМШ всем флотам: «Немедленно начать постановку минных заграждений по плану прикрытия». Первоначально намечалось ставить мины у германских военно-морских баз: Мемеля, Гдыни, Данцига. По распоряжению наркома план был изменен. Минные постановки авиация производила у финских баз и портов и на коммуникациях в шхерном районе, по которым из Германии следовали транспорты с войсками и боеприпасами. В течение июня — июля авиация КБФ поставила несколько заграждений из 105 неконтактных мин на фарватерах в районе Аландских шхер и на подходах к Турку. Сторожевые корабли, тральщики и торпедные катера выставили еще 128 контактных мин на выходах из шхер у островов Утэ и Эре. В середине сентября в этом районе подорвался и затонул финский броненосец береговой обороны «Ильмарине». Всего на центральной минно-артиллерийской позиции было поставлено 3059 контактных мин образца 1908 и 1926 годов и 498 минных заграждений. На Ирбенской позиции и в Рижском заливе было поставлено 1178 контактных мин и 40 минных заграждений.
— состоялся разговор с флотами и управлениями наркомата; «Больше оперативности, следить за каждым шагом противника, действовать решительно, не дожидаясь указаний сверху», — потребовал нарком.
— приказал ГМШ не терять управления флотами, контролировать положение на них, быть в курсе всех распоряжений Наркомата обороны.
— приказал заместителю начальника ГМШ В.А. Алафузову чаще информировать Генеральный штаб о событиях на флотах.
с 23 июня и по 10 июля — входит в Ставку Главного Командования.
23 июня — вызван к И.В. Сталину, в присутствии членов Политбюро и наркома обороны доложил о положении на флотах.
24 июня — обсудил с начальником ГМШ И.С. Исаковым развитие событий на флотах с анализом положения.
— по приказу № 1371 наркома ВМФ начальник ГМШ адмирал И.С. Исаков направлен в Ленинград в качестве заместителя Главкома по морской части. В годы войны нарком направлял на флоты начальника ГПУ ВМФ И.В. Рогова, адмиралов: Л.М. Галлера, Г.И. Левченко, В.А. Алафузова и др.