29 сентября — приказал ЧФ подготовить эвакуацию сил и средств флота.
30 сентября — приказал (совместно с ГМШ) военному совету ЧФ провести эвакуацию с учетом опыта эвакуации Таллина. В результате вывод войск и сил флота из Одессы был проведен более организованно.
сентябрь — приказал (совместно с наркомом обороны) сформировать ГУ Гидрометеослужбы Красной Армии и Управление Гидрометеослужбы Советского Флота.
сентябрь — октябрь участвовал в Московской конференции представителей трех держав — СССР, Англии и США, на которой решались вопросы о военных поставках Советскому Союзу. По Военно-Морскому Флоту вопрос рассматривался вместе с наркомом ВМФ, имевшим свою заявку.
первая половина октября — подготовил проект решения и приказал (в соответствии с постановлением ГКО и указанием Ставки ВГК) выделить с флотом 35—40 тысяч моряков для формирования 25 морских стрелковых бригад. Приказал (совместно с ГМШ) отформировать для обороны Москвы 5—6 бригад из числа личного состава ТОФа и Амурской флотилии. Решение было утверждено постановлением ГКО от 18 октября 1941 г.
10 октября — отдал соответствующее распоряжение в связи с указанием Ставки ВГК об эвакуации всех управлений НК ВМФ в города Куйбышев и Ульяновск. Для организации работы в новых условиях и установления связи с флотами командировал в г. Куйбышев В.А. Алафузова.
16 октября — вылетел в Куйбышев. На месте распорядился размещением штаба, организацией оборудования командного пункта наркомата по вопросам установления связи с флотами. Не без труда отвоевал там нужные помещения для работников штаба и узла связи. Встретился с Н.А. Вознесенским и генералом М. 3. Захаровым.
18 октября — вернулся в Москву.
19 октября — присутствовал на заседании ГКО, на котором было принято постановление о введении в Москве и прилегающих к ней районов с 20 октября осадного положения.
23 октября — приказал образовать в подчинении командующего войсками Московской зоны обороны первый морской отдельный отряд моряков в составе: батальона охраны НК ВМФ, батальона Московского флотского экипажа, гвардейского флотского дивизиона Р.С. («катюш»), дивизиона моряков ГГГО (противотанковых орудий).
октябрь 1914 г. — сформирована Волжская военная флотилия.
октябрь — выехал по приказу Ставки ВГК на Северный флот для организации и проверки подготовки встречи союзных конвоев. Уточнил, какие силы выделить в помощь английским кораблям, и определил порядок взаимодействия с англичанами.
начало ноября — немцы подошли к Севастополю. Нарком ВМФ, убежденный, что только командующий ЧФ может по-настоящему руководить обороной города, обратился в Генштаб с просьбой рассмотреть этот вопрос. В секретариат И.В. Сталина был направлен проект директивы, завизированный Б.М. Шапошниковым и Н.Г. Кузнецовым.