Гершуни планировал уехать за границу, предварительно распорядившись делами Боевой Организации в ее штаб-квартире в Киеве. Зубатов делал все, что мог и не мог, чтобы разгромить эсеровских боевиков и, благодаря Азефу, ему многое удалось. Гершуни готовил акции в тех городах, где не было охранных отделений. Боевики ничего не готовили в двух столицах империи, а все важнейшие предприятия готовили только в провинции. Боевики к Гершуни набирались только через представителя Боевой Организации за границей Михаила Гоца. Оттуда, организовав все необходимое для покушения, группа боевиков Гершуни совершала налет на свою жертву. Зубатов создавал и создавал охранные отделения в империи, но городов в ней было больше, чем у него охранников. Зубатов пообещал Плеве поймать Гершуни, но не знал, что у него оставалось совсем немного времени.
Хозяева фабрик, заводов и мастерских активно жаловались на рабочие союзы Зубатова царю, Витте и Плеве. Им нужен был только повод, чтобы разогнать профсоюзы, мешавшие предпринимателям забирать у рабочих четыре из пяти заработанных ими рублей. В январе 1903 года Витте направил Плеве письмо, по которому ответственность за рабочие союзы возлагалась на министра внутренних дел, и Плеве заволновался за свое место. На всякий случай он поручил своему экономическому советнику подготовить заключение о рабочей деятельности Зубатова, и получил то, что хотел: «Зубатовщина всюду внесла страшную деморализацию. Не пройдет и двух-трех лет – рабочий вопрос вырвется на улицу, и произойдет столкновение, последствия которого ни кто учесть не в состоянии». Плеве хода давать документу до времени не стал, но резолюцию на всякий случай наложил: «Я и сам теперь вижу, что было преждевременно вызывать такое движение среди русских рабочих».
Лишившийся покровителя Зубатов попытался договориться с Витте. В феврале 1903 года он организовал визит рабочей делегации к министру финансов с просьбой разрешить массовое создание больничных и сберегательных касс на предприятиях, но Витте им отказал, и вообще возразил против создания любых рабочих союзов, сославшись на мнение особой правительственной комиссии Оболенского, созданной для разбирательства рабочей проблемы: «Под влиянием усиленной тайной пропаганды в рабочей среде в промышленных центрах быстро и широко развиваются революционные организации. Кассы взаимопомощи поддерживают деятельность стачек. Это движение носит уже не политический, а экономический и бытовой характер и поддерживается московской администрацией». Комиссия сознательно пошла на подлог заявив, что в забастовках участвуют четыре рабочих из пяти.