Около 2 часов ночи Царскую Семью и ее свиту разбудил Юровский и под каким-то предлогом велел им спуститься в комнату нижнего этажа, где должно было совершиться убийство. Скорее всего, этим предлогом был не отъезд, а пережидание какого-то опасного момента в полуподвальном помещении. Для этого некоторые из Узников могли взять с собой подушки. Около 3 часов ночи Царская Семья и ее приближенные спустились в указанную комнату. Туда же вошла группа убийц во главе с неизвестным. Помогал этой группе Юровский. Никаких посторонних лиц, в том числе и П. Медведева, в момент убийства Царской Семьи не было. После того как убийцы вошли в эту комнату, Царская Семья и ее свита были убиты. Как это произошло — покрыто мраком тайны. Но при этом, безусловно, убийство носило длительный и мучительный характер, сопровождаемый большой кровопотерей жертв. Главной целью убийц было не быстрое наступление смерти убиваемых, но их мучения. Убиваемым были нанесены огнестрельные и, главное, большей частью колотые ранения. Во время убийства выполнялся какой-то определенный ритуал, осуществляемый духовным лицом, прибывшим вместе с убийцами. Вполне возможно, что им был руководитель приезжей команды. После убийства, согласно ритуалу, тела убитых были помещены в белые простыни и вывезены в заранее выбранное место в Коптяковском лесу, где они, опять-таки согласно ритуалу, подверглись глумлению и сожжению. Для сокрытия истинных обстоятельств убийства его организаторы произвели множество огнестрельных выстрелов в южную часть стены комнаты, чтобы инсценировать расстрел Царской Семьи.
После убийства для помощи в переноске трупов в грузовик Юровским были приглашены, возможно, П. Медведев и Якимов (возможно, кто-то еще из внешней охраны). Когда те спустились в комнату, где произошло убийство, пред ними предстало жуткое зрелище: весь пол и стены были залиты кровью, на полу лежали растерзанные трупы с множественными колото-резаными ранами. Когда тела стали поднимать, чтобы выносить во двор, то оказалось, что некоторые люди еще живы. Они стали приходить в себя, раздались стоны. Раненых стали тут же добивать штыками или длинными кинжалами. Последнее такое добивание случилось почти что во дворе Ипатьевского дома. То обстоятельство, что люди так долго не умирали, объясняется тем, что убийцы преследовали своей целью умертвить их посредством наиболее длительных мучений.
Увиденное так подействовало на Медведева и Якимова, что они находились в состоянии шока.[1323] Их обуял страх. Юровский приказал им молчать об увиденном. Скорее всего, тут же на месте со стороны убийц началось создание ложной картины убийства. Медведеву, Якимову и другим могли быть внушены те обстоятельства убийства, которые были выгодны убийцам. При этом Юровский мог предупредить охранников, в особенности Медведева, что в случае, если они попадут в руки белым, они должны повторять то, что он им рассказал об обстоятельствах убийства. При этом Юровский мог припугнуть охранников тем, что у них, у большевиков, есть «свои люди» и у белых и что в случае «предательства» их достанут и у белых. Скорее всего, это так и случилось: многие из арестованных белым следствием обвиняемых умерли при загадочных обстоятельствах в тюрьме, а Якимов был расстрелян после возвращения красных. Расчет Юровского оправдался: оказавшись в руках белого следствия, охранники повторяли внедренную в их сознание ложь. Впрочем, Юровский мало чем рисковал даже в том случае, если бы охранники начали говорить что-либо иное, чем то, что было им велено. Ведь никто из них не знал истинных обстоятельств убийства.