В проекте корабля использовались элементы так называемой бракетной ("клетчатой") системы набора, впервые примененной известным английским кораблестроителем Э. Ридом при постройке броненосца "Беллерофон". Эта конструкция соединяла в себе достоинства чисто продольной системы набора (без шпангоутов), примененной Скотт-Росселем и Брунелем в конструкции знаменитого парохода "Грейт Истерн", с традиционной поперечной, основу которой составляли шпангоуты. В принятой системе набора непрерывные высокие днищевые стрингеры соединялись короткими участками поперечного набора — бракетами. Накрывавшая их сверху внутренняя обшивка создавала ставшую с того времени классической конструкцию второго дна.
Установленные через определенные промежутки водонепроницаемые стрингеры и бракеты подразделяли междудонное пространство на ряд изолированных отсеков-клеток, откуда и произошло название системы.
Учитывая значение поперечного набора для широкого и низкобортного корабля прибрежного действия, в конструкции "Смерча" предусматривались сплошные ветви днищевых шпангоутов, на которые ставились стрингеры примерно такой же высоты, а сверху укладывался настил второго дна, образовывавший в соединении со вторым бортом сплошную, как на пароходе "Грейт Истерн", внутреннюю обшивку.
Такова вторая конструктивная особенность корабля, отличавшая его от не имевших второго дна и вторых бортов плавучих батарей и мониторов.
Длина корабля между перпендикулярами, проведенными от крайней точки тарана до задней кромки ахтерштевня, составляла 56, по ватерлинии—57,5, ширина 11,6, высота борта 4, осадка на ровный киль 3,2 м. Таким образом, надводный борт корабля едва достигал 1 м.
Шпангоуты устанавливались через 533 мм (21 дюйм), бимсы через шпангоут. Бимсы выполнялись из бульбовых полос, что явилось новым для русского кораблестроения. Шпунтовый пояс наружной обшивки имел толщину 12.7 мм (в средней части), внутренний борт—11,1 и 9,5, переборки — 4,8 и 6,4, таранная (на высоту до верхней палубы) — 9,5 мм.
Бортовая броня высотой в средней части 2.1 м имела толщину 114 мм, и на расстоянии 4,5 м от носа и кормы уменьшалась до 102 мм. Подкладка под броню состояла из тиковых брусьев толщиной 203 мм. Общая масса брони при проектном водоизмещении 1400 т (с перегрузкой в последующие годы до 1500 т) составляла около 360 т. Две башни диаметром 6,7 м бронировались 114-мм плитами и предназначались каждая для двух 196-мм гладкоствольных орудий с длиной ствола 3,7 м, заряжавшихся с дульной части.
Материалы применяли "самого лучшего качества", предел прочности всего листового и углового железа должен был составить 3420 кг/см2 вдоль слоев и 2950 — поперек. Изготовление броневых плит подрядчик (К. Митчел) обязался поручить только тем заводам, которые уже поставляли плиты для кораблей английского флота, в количестве не менее 400 т.