На самолетах Me 109B-0, как прототипах, так и нет, отрабатывалось множество нововведений. На одном из «испанских» самолетов имелся обтекатель винта новой формы с вентиляционным отверстием. На другом установили убирающееся хвостовое колесо. Если обтекатель так и остался опытным образцом, то убирающееся хвостовое колесо появилось на серийных машинах. Однако и на серийных машинах механизм уборки блокировали и колесо оставалось постоянно в выпущенном состоянии. Аналогично обстояло дело с полностью закрытой нишей главного шасси. Уже в ходе первых испытаний было решено полностью закрывать створками нишу шасси, однако эту идею впервые реализовали лишь на самолетах Me 109K.
Me 109В поздней серии с новым типом камуфляжа, который появился на «Jumo-шмиттах» в конце 1939 года. Также видны особенности машины. Старый капот без вентиляционных отверстий, но на крыльях укороченные предкрылки и перенесенный маслорадиатор. Обратите внимание на внутреннее устройство пулеметного отсека, а также обозначение (Т+М) на крыле.
Me 109В в одной из летных школ, зима 1940/41 г.г. Самолет несет новый камуфляж (71/02) и опознавательные знаки (кресты с широким белым кантом). Обратите внимание на заглушку на конце обтекателя винта. На крыле видны укороченные предкрылки, а маслорадиатор находится в положении, характерном для ранних «Берт». При этом выхлопные патрубки характерные для машин, выпущенных после 1938 года.
Прототипы с номерами от V9 до V12 были созданы на базе самолетов серии В-1, на что указывают их серийные номера. Me 109V9 (W.Nr. 1056) был оснащен двигателем Jumo 210G, a Me 109V10 (W.Nr. 1010) оснащался двигателем Jumo 210D и остался на заводе в Аугсбурге в качестве запасной машины главной программы развития. Me 109V11 (W.Nr. 1012) оснащался тем же двигателем, что и предыдущий прототип и нес четырехствольное вооружение. Вооружение состояло из четырех пулеметов MG 17 калибра 7,92 мм, из которых два находились в модифицированных крыльях. Возможность установить в крыльях пулеметы появилась после того, как укоротили предкрылки.
Прототип VII был доставлен в мае 1937 года в испытательный центр в Травемюнде, где до июля продолжались его испытания, вызванные серьезными переделками крыла. Следующий прототип — Me 109V12 (W.Nr. 1016) — появился в августе 1937 года. Машина отличалась новым вооружением. Вместо двух пулеметов в крыльях установили два 20-мм пушки MG FF. Самолет также направили в Травемюнде, где начались прочностные испытания. Два следующих прототипа — VI3 и V14 — были в порядке эксперимента оснащены двигателем DB 600, а позднее на V13 установили DB 601 А.